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2024年

RによるssGSEA(single sample Gene Set Enrichment Analysis)とその方法

日付;2024/06/23(日) はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA(ssGSEA)する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を1とか2しか採 […]

エクセルでドロップダウンを入力する

日付;2024/05/28(火) 実験ノートとは別に、エクセルを使って実験番号と内容の対応表を別に記録しておくとする。そこに、例えば、Not yet、planning、ongoingなどのステータスを記載する列を各とする。こういった列は内容が一貫しており、別の値が入ってきたりはそうそうしないわけである。そんなときは、ドロップダウンにしてしまうのが、いちいち入力しなくて良いので楽である。でも、そのエ […]

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)の手順と結果の見方

日付;2024/05/26(日) 以前、Preranked GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)について時々使う必要があるために覚書として記載したが、そいうえば、複数サンプルの場合の一般的なGSEAについては書いたことがなかったためにここで記載しておく。データのフォーマットとか、どの変数に何を入れるとか、いちいち忘れてマニュアルを見る羽目になるので、実行の手順を書い […]

ChatGPTの使いどころ

日付;2024/05/19(日) 昨日、ChatGPTに課金してしまった….ということで、もうChatGPTは日常生活に欠かせないよっていう話を書いておこうと思う。 最近のChatGPT これまでの20年間くらいはGoogle検索がインターネット界隈を支配してきたわけだが、最近ではインターネットの検索はChatGPTに置き換わりつつある。実際、ここ最近は、特に専門的な用語や疎い理論や原 […]

RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ

日付;2024/05/19(日) 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]

codocによる記事の有料化について

日付;2024/05/03(金) 実は、先日から解析に関連する記事で一部を有料化している。それについて、ここで説明しようと思う。 codocというサービスで一部の記事を有料にした 先日から、Python、R、その他の手法を載せた記事の一部、特に、個人的に苦労した解析などは有料化することにした。その目的は「収益というモチベーションにより、その記事のクオリティーやサポートを継続し、自他にとってさらに有 […]

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付;2024/04/28(日) 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)解析のためのパッケージをインストールした。Pythonのパッケージは比較的(最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要があると思う。)先進的で格好の良い解析方法が多く、かつ、Rよりも計算速度が圧倒的に早いという特徴があり、個人的にはpythonのようが […]

Githubの使い方

日付;2024/04/27(土) 今日、さすがにGithubを使い出した。セットアップが結構勉強になったので、そのときの日記。 Githubの必要性を感じる 最近自分はつくづく医学系の基礎研究者だなぁ(つまり、コンピューター解析の研究者や開発者ではなく)と思う。だからこそ、これまで大規模なコードなんか書かずに、すなわち、Gitを使ってログなんかを取らずに必要性だけでコンピューター解析を行ってきたの […]

シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする

日付;2024/04/28(土) シングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。例えば, velocyte(Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。)やscVeloはRNA velo […]

Seurat v.5をインストールする

日付;2024/04/06(土) 以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5(v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン5をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった(version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。) […]