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研究

ChatGPTの使いどころ

日付;2024/05/19(日) 昨日、ChatGPTに課金してしまった….ということで、もうChatGPTは日常生活に欠かせないよっていう話を書いておこうと思う。 最近のChatGPT これまでの20年間くらいはGoogle検索がインターネット界隈を支配してきたわけだが、最近ではインターネットの検索はChatGPTに置き換わりつつある。実際、ここ最近は、特に専門的な用語や疎い理論や原 […]

Early Warning Journal Listに選ばれている怪しい論文誌

日付;2024/03/20(水) Natureで気になる記事を読んだ Chinese Academy of Scienceの図書館が、Predatory Journal(ハゲタカジャーナル)や中国の科学研究コミュニティーにとって有益ではないとされる論文誌(ジャーナル)のリストを公開した、という記事をNatureの記事(https://www.nature.com/articles/d41586-0 […]

シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成はやっぱり地獄

日付;2023/12/26(火)、訂正と追加;2024/01/04(木) 以前、シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成は体力的にも精神的にもとても堪えるという記事を書いたが、今回もそれを再確認したということを無駄に記録しておこうと思う。実験終了日の次の日、充電が切れたみたいに何も出来なくなった。あのまま働いてたら絶対に風邪ひいていたと思う。因みに、今回のこの記事は完全に愚痴なので、嫌な気分 […]

科研費が採択された

日付;2023/03/04(土) 2023年2月28日(火)の夕方4時頃に、令和5年度の科研費に採択された旨のメールが、研究所の外部資金の担当部署から届く。分類は科研費基盤Cで、今年を含めて3年間の研究期間になる。過去約5年間は留学していたし、その前の約1年半はゴミのようなラボ(人間的にはOK。仕事的にはNG)に所属してしまって、申請書を書いている段階で採択は無理だとわかるくらい酷いものだったので […]

シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である

日付;2023/01/19 (木) 先日にシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]

数年後は固定サンプルを使ったsingle cell RNA sequenceが主流になると思う

日付;2022/12/29(木) 12月の半ばに10xGenomicsのユーザーグループミーティングという、ちょっとしたセミナーに参加してきた。そこでは10xGenomicsのsingle cell RNA seqeuence(scRNA-seq)のライブラリ調整キットを使った研究の紹介を通して、どんな分野に応用しているのか、ということが発表されていた。 発表された研究内容としては正直普通であって […]

Single sampleのRNA-seqに意味はあるのか

日付;2022/10/16(日)追記;2022/10/22(土) ここ2週間、N=1かつ多群のbulk RNA-seq(以降は単にRNA-seqと示す)の解析を行ってきた。その解析でRNA-seqについて考えたことを記しておこうと思う。以前のポストでも似たようなことを書いており、ある意味「これは問題だな」ということを改めて理解できた 率直な結論 それは、Single Sample(N=1)のRNA […]

フローサイトメーターのコンペンセションについて

日付;2022/05/21(土) 今週、所属した研究室で少しずつ実験を見せてもらっていたが、そこで将来的に嫌な予感のすることに遭遇した。それはフローサイトメーターのコンペンセイション(Compensation)の方法が手動だったことである。個人的には手動によるCompensationは、出来ればやめたほうが良いと思っている。ここではその理由を述べようと思う。研究室によって異なると思うが、それでもや […]

PIの能力と研究室の発展について

日付;2022/03/25(金) この日は実質的にアメリカでの研究室での最後の仕事の日である。この次の週の3月28日(月)にIDカード、研究室の鍵、白衣、データの入ったハードディスクを研究室に置いて、自分の机をきれいにする必要があるが、28日は昼前には実際の実験がない。 そして、その実質アメリカの研究室での最後の日のミーティングに、ちょっと気になったことがある。それは、PI(Principal I […]

学術論文のピアレビューの方法というか作法

自分のような研究者にも年に3から4本くらいインパクトファクターのついた論文のレビュー依頼が来る。しかし、なんか自分があまり大した研究者じゃあないことがバレているような気がしてくるのだが、本当に酷い論文に対するレビュー依頼しか来たことがない。言うても、こんな状態だったとしても、レビューアーの依頼を引き受けた以上はしっかりと仕事をしたいと思っている。 でも、いつも思うのだが、レビューの正しい方法っての […]