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2023年

シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成はやっぱり地獄

日付;2023/12/26(火)、訂正と追加;2024/01/04(木) 以前、シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成は体力的にも精神的にもとても堪えるという記事を書いたが、今回もそれを再確認したということを無駄に記録しておこうと思う。実験終了日の次の日、充電が切れたみたいに何も出来なくなった。あのまま働いてたら絶対に風邪ひいていたと思う。因みに、今回のこの記事は完全に愚痴なので、嫌な気分 […]

アカデミックの研究員を辞めた

日付;2023/11/19(日) 2023年12月末で現所属を辞職し、新しい職場へ移る。その理由などを以下に記そうと思う。この研究所は、一般的な観点からは、みんな非常にいい人たちで、仕事への取り組み方、労働時間等々は非常にクリーンであり、否の打ちどころがあまりない。むしろ、自分の方がイレギュラーだったと思う。企業文化に合う人間や技術員には非常に良い企業であると思う。また、2023年から新しい所長に […]

ChatGPTを大学や研究所でレポート作成・論文作成・助成金申請に使う前に知っておくべきこと

日付;2023/09/10(日) 最近、どうやらChatGPTが注目されている。GPTはGenerative Pretrained Transformerの略らしい。Wikipediaによれば、2022年11月30日に、OpenAIがChatGPTを公開したらしい。その直後から、Natureとかに記事が載っている。きっとかなりの革新なんだろう。そういうことなので、この記事は科学研究や教育におけるL […]

MDPIやFrontiersは商用誌と同類と考えれば誰も損しない

日付;2023/07/23(日) 先日、FrontiersやMDPIはPubmedやJournal Citation Reportsなどの学術誌レポジトリに登録されており公ではハゲタカジャーナルではないにしても、Peer reviewが学術研究のクオリティーを下げるような論文誌が多くあり、またエディターなどもそのテーマを扱うための適切な専門家ではないなど、やっている行為がもはやハゲタカジャーナルで […]

最近のMDPI は限りなくハゲタカジャーナルだと思う

日付;2023/07/22(土)追記と訂正(誤字脱字てにおは);2023/08/01(火)Predatory Reportsへのリンクが切れていたので削除;2024/06/08(土) 先日、Frontiersに良いイメージを持てないというポストをしたが、それを調べている最中にMDPIはハゲタカジャーナルなのかどうかを記載するブログかなんかに沢山行き着いた。 以前から自分もMDPIのジャーナルには絶 […]

Frontiersはこれまでのハゲタカジャーナルの定義からは外れそうだが信頼できなそうなので原著論文を出す場合は要注意だと思う

日付;2023/07/08(土) 最近、立て続けにFrontiers in immunologyからレビューの依頼が2つ(5月11日と7月6日)あった。5月の依頼はエディターからのメールに返信することをすっかり忘れてしまった。本当に申し訳ない。やっぱり仕事を後回しするのは、本当に良くないと思う。反省している。7月6日のメールにはちゃんと返信した。依頼のメールに載っているアブストラクトをちゃんと読ん […]

科研費が採択された

日付;2023/03/04(土) 2023年2月28日(火)の夕方4時頃に、令和5年度の科研費に採択された旨のメールが、研究所の外部資金の担当部署から届く。分類は科研費基盤Cで、今年を含めて3年間の研究期間になる。過去約5年間は留学していたし、その前の約1年半はゴミのようなラボ(人間的にはOK。仕事的にはNG)に所属してしまって、申請書を書いている段階で採択は無理だとわかるくらい酷いものだったので […]

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]