初稿；2026/09/21（月） はじめに いつもこのpivot_wider()とpivot_longer()は全部忘れていて、必要になる度に大混乱してしまう。ということで、ここにメモっておくことにする。 使用するデータ オリジナルのデータとして、以下の画像のような形のデータフレームを使用する。これは、使った動物の数を6匹とし、それらに各濃度（列dose）の薬剤CPDと対照となるDMSO（列dru […]
2026/09/19（日）；初稿 はじめに 最近はシングルセルRNAシークエンスも一般的な解析技術になってきた。それ単発の解析では、もうFigureを一つしか作れないような状態であり、空間トランスクリプトームや他のモダリティー（技術や手法）と合わせて、マルチオミクスという形で着目する現象を解明していく、というストラテジーが必要と言える。逆に言えば、シングルセルRNAシークエンスの解析は、もはやスタ […]
2026/07/05（日）；初稿 はじめに 先日、これまで使用してきた解析環境であるUbuntu 22.04 LTSのシステムを間抜けなコードを一発走らせるだけでぶっ壊すという事態を引き起こしてしまった。そして今回、LinuxのKernel 7.0に期待してUbuntu 26.04 LTSをインストールして、一応、使えるようにはしたところである。 今回はUbuntu 26.04LTSに、これまでR […]
2026/5/17（日）；初稿 はじめに 気づいたときに何の前触れもなく、パッと行う必要がある解析として、相関係数の算出がある。しかし、これも計算しては忘れることを繰り返している様に思う。依って、ここに覚書しておく。以下はデータフレームdfの列column1と列column2の散布図を描き、そこに単回帰（y = ax +b）を求めて、それを散布図に重ねるためのRのコードである。単回帰と相関係数は、 […]
はじめに 遺伝子発現プロファイルでも、タンパク質発現プロファイルでもそうだが、解析していると正規化（Normalization）という操作が必要になる。遺伝子発現解析をしているとそこまで問題になることはないし（いや、実際は大問題で、正規化に関する論文は沢山ある。問題無いと書いたが、それは対照群と比較群が同じようにデータ取得されていて、かつ、それらの論文で示される正規化方法が使える場合はとやかく考え […]
2026/05/11（月）；初稿2026/06/13（土）；記事が長すぎてCodecプラグインが動かなかったので、コードをSTORESで販売することにした。 はじめに これまでTCGA（The Cancer Genome Atlas）に登録された各種がんの遺伝子発現プロファイルと、その患者の生存率（生存期間）を解析してきた。この記事ではCPTAC（Clinical Proteomic Tumor […]
2026/01/03（土）；初稿2026/01/12（月）；追記；AnndataではなくSummerizeExperimentやMultipleAssayExperimentが使えると思う。2026/06/13（土）；記事が長すぎてCodecプラグインが動かなかったので、コードをSTORESで販売することにした。 はじめに 以前、TCGAのデータを使って、がんや腫瘍における遺伝子発現量（RNA-s […]
2025/12/14（日）；初稿2025/12/29（月）；訂正；カプランマイヤー法による生存率の解析；教科書（生存期間解析、ISBN978-4-254-12861-1）に従って、打ち切りの設定を確認し、生存曲線（カプランマイヤー推定値）の横軸を1825日（5年）に限定した。2026/01/03（土）；訂正；元の記事のタイトル「TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関 […]
2025/10/04（土）；初稿2025/11/08（土）；追記；並列化が元から組み込まれているパッケージに対してforeachを使うのはそもそも良くない。 はじめに 以前TCGAやCPTACのデータをダウンロードしたが、最近はこれまで解析を行ってきた解析手順や手法をブログに記録しておくためそのデータを使って色々と解析を行っている。今後のためにと思って、多少無茶な解析でも行っているわけだが、そのと […]
日付；2025/05/8（木） はじめに ある薬剤にして何らかの生物現象、例えば、標的分子の発現量の減少、増殖能の抑制、アポトーシスの発生率等に対する薬効を数値化し、横軸（X軸）に用量（ここではDose）、縦軸（Y軸）に反応性（ここではResponse）をとってグラフ化すると、いわゆる「シグモイドカーブ」という曲線に従うことが多い。特に、あるタンパク質に対するリガンドの結合と、結果して起こるタンパ […]