アカデミックの研究員を辞めた
日付；2023/11/19（日） ２０２３年１２月末で現所属を辞職し、新しい職場へ移る。その理由などを以下に記そうと思う。この研究所は、一般的な観点からは、みんな非常にいい人たちで、仕事への取り組み方、労働時間等々は非常にクリーンであり、否の打ちどころがあまりない。むしろ、自分の方がイレギュラーだったと思う。企業文化に合う人間や技術員には非常に良い企業であると思う。また、２０２３年から新しい所長に […]
ChatGPTを大学や研究所でレポート作成・論文作成・助成金申請に使う前に知っておくべきこと
日付；2023/09/10（日） 最近、どうやらChatGPTが注目されている。GPTはGenerative Pretrained Transformerの略らしい。Wikipediaによれば、2022年11月30日に、OpenAIがChatGPTを公開したらしい。その直後から、Natureとかに記事が載っている。きっとかなりの革新なんだろう。そういうことなので、この記事は科学研究や教育におけるL […]
MDPIやFrontiersは商用誌と同類と考えれば誰も損しない
日付；2023/07/23（日） 先日、FrontiersやMDPIはPubmedやJournal Citation Reportsなどの学術誌レポジトリに登録されており公ではハゲタカジャーナルではないにしても、Peer reviewが学術研究のクオリティーを下げるような論文誌が多くあり、またエディターなどもそのテーマを扱うための適切な専門家ではないなど、やっている行為がもはやハゲタカジャーナルで […]
最近のMDPI は限りなくハゲタカジャーナルだと思う
日付；2023/07/22（土）追記と訂正（誤字脱字てにおは）；2023/08/01（火） 先日、Frontiersに良いイメージを持てないというポストをしたが、それを調べている最中にMDPIはハゲタカジャーナルなのかどうかを記載するブログかなんかに沢山行き着いた。 以前から自分もMDPIのジャーナルには絶対投稿したくないし、こんなのに自分の研究結果を投稿することになったらうつ病にでもなりそうだと […]
Frontiersはこれまでのハゲタカジャーナルの定義からは外れそうだが信頼できなそうなので原著論文を出す場合は要注意だと思う
日付；2023/07/08（土） 最近、立て続けにFrontiers in immunologyからレビューの依頼が２つ（５月１１日と７月６日）あった。５月の依頼はエディターからのメールに返信することをすっかり忘れてしまった。本当に申し訳ない。やっぱり仕事を後回しするのは、本当に良くないと思う。反省している。７月６日のメールにはちゃんと返信した。依頼のメールに載っているアブストラクトをちゃんと読ん […]
How to install STREAM for trajectory inference in single cell RNA sequence analysis
Data; 2023/05/25(Thu) Recently I have used scanpy for analyzing single cell RNA sequence (scRNA-seq). I feel staistical analysis on scanpy is less useful than Seurat, but scanpy has really nice compat […]
How to fix grey color at markdwon and output area of Vidual Studio Code
Date; 2023/05/13 Recently, I have basically used scanpy for analysis of single cell RNA sequence because I need to use scVelo for RNA velocity analysis. Reason why I chose scanpy rather than Serurat i […]
cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法
シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]
cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する
日付；2023/02/25（土）、2023/02/28（火）訂正 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあたりI1、I2、R1、R2.fast […]