Kats
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Kats

これまで放射線治療の基礎研究、乳がんの遺伝子診断に関する研究に携わってきました。また、アメリカではポスドクとしてトリプルネガティブ乳がんに対する新規分子標的薬の影響に関して研究をしてきました。2022年から改めて日本で研究活動を再開することになりました。このブログでは日頃の研究活動から学んだことや考えたことを記録していこうと思います。多くが愚痴になってしまうかもしれません。この記録が自分の忘備録として、そしてすこしでも誰かの参考になるようであれば、それでいいんじゃあないかと思っております。

アカデミックの研究員を辞めた

日付;2023/11/19(日) 2023年12月末で現所属を辞職し、新しい職場へ移る。その理由などを以下に記そうと思う。この研究所は、一般的な観点からは、みんな非常にいい人たちで、仕事への取り組み方、労働時間等々は非常にクリーンであり、否の打ちどころがあまりない。むしろ、自分の方がイレギュラーだったと思う。企業文化に合う人間や技術員には非常に良い企業であると思う。また、2023年から新しい所長に […]

ChatGPTを大学や研究所でレポート作成・論文作成・助成金申請に使う前に知っておくべきこと

日付;2023/09/10(日) 最近、どうやらChatGPTが注目されている。GPTはGenerative Pretrained Transformerの略らしい。Wikipediaによれば、2022年11月30日に、OpenAIがChatGPTを公開したらしい。その直後から、Natureとかに記事が載っている。きっとかなりの革新なんだろう。そういうことなので、この記事は科学研究や教育におけるL […]

MDPIやFrontiersは商用誌と同類と考えれば誰も損しない

日付;2023/07/23(日) 先日、FrontiersやMDPIはPubmedやJournal Citation Reportsなどの学術誌レポジトリに登録されており公ではハゲタカジャーナルではないにしても、Peer reviewが学術研究のクオリティーを下げるような論文誌が多くあり、またエディターなどもそのテーマを扱うための適切な専門家ではないなど、やっている行為がもはやハゲタカジャーナルで […]

最近のMDPI は限りなくハゲタカジャーナルだと思う

日付;2023/07/22(土)追記と訂正(誤字脱字てにおは);2023/08/01(火) 先日、Frontiersに良いイメージを持てないというポストをしたが、それを調べている最中にMDPIはハゲタカジャーナルなのかどうかを記載するブログかなんかに沢山行き着いた。 以前から自分もMDPIのジャーナルには絶対投稿したくないし、こんなのに自分の研究結果を投稿することになったらうつ病にでもなりそうだと […]

Frontiersはこれまでのハゲタカジャーナルの定義からは外れそうだが信頼できなそうなので原著論文を出す場合は要注意だと思う

日付;2023/07/08(土) 最近、立て続けにFrontiers in immunologyからレビューの依頼が2つ(5月11日と7月6日)あった。5月の依頼はエディターからのメールに返信することをすっかり忘れてしまった。本当に申し訳ない。やっぱり仕事を後回しするのは、本当に良くないと思う。反省している。7月6日のメールにはちゃんと返信した。依頼のメールに載っているアブストラクトをちゃんと読ん […]

科研費が採択された

日付;2023/03/04(土) 2023年2月28日(火)の夕方4時頃に、令和5年度の科研費に採択された旨のメールが、研究所の外部資金の担当部署から届く。分類は科研費基盤Cで、今年を含めて3年間の研究期間になる。過去約5年間は留学していたし、その前の約1年半はゴミのようなラボ(人間的にはOK。仕事的にはNG)に所属してしまって、申請書を書いている段階で採択は無理だとわかるくらい酷いものだったので […]

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]

cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する

日付;2023/02/25(土)、2023/02/28(火)訂正 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあたりI1、I2、R1、R2.fast […]