cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法
シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]
cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する
日付；2023/02/25（土）、2023/02/28（火）訂正 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあたりI1、I2、R1、R2.fast […]
Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール
日付；2023/02/24（金） シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル（I1、I2.fastq）とcDNAのリード（R1.fastq、R2.fastq）の４つ（実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。）が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファレンスシークエンスにマッピングし、遺伝子に […]
シングルセルRNAシークエンスの外注で日本の科学技術の衰退が半端ではないことを思い知る
日付；2023/02/04（土）追記；2023/02/19（土） ２週間くらい前にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ調整を行い、次はサンプルのシークエンスを行わなくてはならない。研究所にシークエンサーは無いので、これを外注する必要がある。基本的には多くの施設で外注だろうと思う。たとえ大学内にシークエンサーを持っている部署があったとしても、なんやかやで外注みたいな形にな […]
シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である
日付；2023/01/19 （木） 先日にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]
数年後は固定サンプルを使ったsingle cell RNA sequenceが主流になると思う
日付；2022/12/29（木） 12月の半ばに10xGenomicsのユーザーグループミーティングという、ちょっとしたセミナーに参加してきた。そこでは10xGenomicsのsingle cell RNA seqeuence（scRNA-seq）のライブラリ調整キットを使った研究の紹介を通して、どんな分野に応用しているのか、ということが発表されていた。 発表された研究内容としては正直普通であって […]
monocle3のインストール
日付；2022/10/30（日） Single cell RNA sequence（scRNA-seq）の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのmonocle3のほうが扱い易いので […]
Seuratのインストール
日付；2022/10/29（土） single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット（Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1)）を使っている関係から、もはやcellrangerは必須である。高次解 […]
Single SampleのGSEAについて（GSEAPreranked）
日付；2022/10/22（土） 先日、Single Sample（N=1）のRNA-seqは意味があるのか無駄なのかを書いたが、そうは言っても、いろいろな事情によりそのような解析が必要な場合もある。それに、うまく行けばのサンプルの遺伝子発現プロファイルからそのサンプルがどのような細胞や組織に属する推測できるかもしれない。「最終的にお蔵入りになるから無駄だ」とか言っている自分も、結局のところその解 […]