Kats
- 2024年10月15日
- 2025年3月25日
WindowsクライアントからOpenSSHを使ってLinuxサーバーに接続して解析する
日付；2024/10/14（月） １．はじめに 最近、職場でトランスレーショナルスタディーっぽい解析をすることが多く、そのために比較的大きなコンピューターを買った（2年前の1．5倍から2倍くらいの性能のコンピューターを、それと同じくらいの価格で購入した。コンピューターの大きさも半分くらいしかない。）のだが、色々あって、それをちょっとしたサーバーとして使用しなくてはならない可能性がある。そこで、その […]
- 2024年6月23日
- 2025年3月25日
RによるssGSEA（single sample Gene Set Enrichment Analysis）とその方法
日付；2024/06/23（日） はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を１とか２しか採 […]
- 2024年5月28日
- 2024年5月28日
エクセルでドロップダウンを入力する
日付；2024/05/28（火） 実験ノートとは別に、エクセルを使って実験番号と内容の対応表を別に記録しておくとする。そこに、例えば、Not yet、planning、ongoingなどのステータスを記載する列を各とする。こういった列は内容が一貫しており、別の値が入ってきたりはそうそうしないわけである。そんなときは、ドロップダウンにしてしまうのが、いちいち入力しなくて良いので楽である。でも、そのエ […]
- 2024年5月27日
- 2025年3月26日
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis)の手順と結果の見方
日付；2024/05/26（日）、2025/02/15（土）他の記事でもGSEAを書いたことを記載。 以前、Preranked GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）について時々使う必要があるために覚書として記載したが、そいうえば、複数サンプルの場合の一般的なGSEAについては書いたことがなかったためにここで記載しておく。データのフォーマットとか、どの変数に何を入れる […]
- 2024年5月19日
- 2024年6月4日
ChatGPTの使いどころ
日付；2024/05/19（日） 昨日、ChatGPTに課金してしまった….ということで、もうChatGPTは日常生活に欠かせないよっていう話を書いておこうと思う。 最近のChatGPT これまでの20年間くらいはGoogle検索がインターネット界隈を支配してきたわけだが、最近ではインターネットの検索はChatGPTに置き換わりつつある。実際、ここ最近は、特に専門的な用語や疎い理論や原 […]
- 2024年5月19日
- 2025年3月25日
RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ
日付；2024/05/19（日） 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]
- 2024年5月3日
- 2024年5月3日
codocによる記事の有料化について
日付；2024/05/03（金） 実は、先日から解析に関連する記事で一部を有料化している。それについて、ここで説明しようと思う。 codocというサービスで一部の記事を有料にした 先日から、Python、R、その他の手法を載せた記事の一部、特に、個人的に苦労した解析などは有料化することにした。その目的は「収益というモチベーションにより、その記事のクオリティーやサポートを継続し、自他にとってさらに有 […]
- 2024年4月28日
- 2025年3月25日
シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ
日付；2024/04/28（日） 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）解析のためのパッケージをインストールした。その記事はここに記したので、PythonでシングルセルRNAシークエンスのデータを解析したい方は、それを参考にしていただきたい。Pythonのパッケージは比較的（最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要がある […]
- 2024年4月27日
- 2025年3月25日
Githubの使い方
日付；2024/04/27（土） 今日、さすがにGithubを使い出した。セットアップが結構勉強になったので、そのときの日記。 Githubの必要性を感じる 最近自分はつくづく医学系の基礎研究者だなぁ（つまり、コンピューター解析の研究者や開発者ではなく）と思う。だからこそ、これまで大規模なコードなんか書かずに、すなわち、Gitを使ってログなんかを取らずに必要性だけでコンピューター解析を行ってきたの […]