日付；2024/11/04（月）、2024/11/24（日）LAN Driverについて追記、2024/12/04（水）psensorによるモニタリングについて追記、2024/12/08（日）psensorではなくメモリ不足にだったことを追記、2025/05/03（土）Bluetooth（Realtek RTL8922AE）のドライバーをインストールしたことを追記 はじめに これまで、マウスコンピ […]
日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]
日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]
日付；2024/10/14（月） １．はじめに 最近、職場でトランスレーショナルスタディーっぽい解析をすることが多く、そのために比較的大きなコンピューターを買った（2年前の1．5倍から2倍くらいの性能のコンピューターを、それと同じくらいの価格で購入した。コンピューターの大きさも半分くらいしかない。）のだが、色々あって、それをちょっとしたサーバーとして使用しなくてはならない可能性がある。そこで、その […]
日付；2024/06/23（日）、2025/04/03（木）ssGSEA2に使用するGCTファイルについて追記 はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad in […]
日付；2024/05/28（火） 実験ノートとは別に、エクセルを使って実験番号と内容の対応表を別に記録しておくとする。そこに、例えば、Not yet、planning、ongoingなどのステータスを記載する列を各とする。こういった列は内容が一貫しており、別の値が入ってきたりはそうそうしないわけである。そんなときは、ドロップダウンにしてしまうのが、いちいち入力しなくて良いので楽である。でも、そのエ […]
日付；2024/05/26（日）、2025/02/15（土）他の記事でもGSEAを書いたことを記載。 以前、Preranked GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）について時々使う必要があるために覚書として記載したが、そいうえば、複数サンプルの場合の一般的なGSEAについては書いたことがなかったためにここで記載しておく。データのフォーマットとか、どの変数に何を入れる […]
日付；2024/05/19（日） 昨日、ChatGPTに課金してしまった….ということで、もうChatGPTは日常生活に欠かせないよっていう話を書いておこうと思う。 最近のChatGPT これまでの20年間くらいはGoogle検索がインターネット界隈を支配してきたわけだが、最近ではインターネットの検索はChatGPTに置き換わりつつある。実際、ここ最近は、特に専門的な用語や疎い理論や原 […]
日付；2024/05/19（日） 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]
