日付；2023/07/08（土） 最近、立て続けにFrontiers in immunologyからレビューの依頼が２つ（５月１１日と７月６日）あった。５月の依頼はエディターからのメールに返信することをすっかり忘れてしまった。本当に申し訳ない。やっぱり仕事を後回しするのは、本当に良くないと思う。反省している。７月６日のメールにはちゃんと返信した。依頼のメールに載っているアブストラクトをちゃんと読ん […]
Data; 2023/05/25(Thu) Recently I have used scanpy for analyzing single cell RNA sequence (scRNA-seq). I feel staistical analysis on scanpy is less useful than Seurat, but scanpy has really nice compat […]
Date; 2023/05/13 Recently, I have basically used scanpy for analysis of single cell RNA sequence because I need to use scVelo for RNA velocity analysis. Reason why I chose scanpy rather than Serurat i […]
シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]
日付；2023/02/25（土）、2023/02/28（火）訂正、2024/03/31（日）有料化 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあた […]
日付；2023/02/24（金） 日付；2024/03/31（日）；有料化 シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル（I1、I2.fastq）とcDNAのリード（R1.fastq、R2.fastq）の４つ（実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。）が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファ […]
日付；2023/02/04（土）追記；2023/02/19（土） ２週間くらい前にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ調整を行い、次はサンプルのシークエンスを行わなくてはならない。研究所にシークエンサーは無いので、これを外注する必要がある。基本的には多くの施設で外注だろうと思う。たとえ大学内にシークエンサーを持っている部署があったとしても、なんやかやで外注みたいな形にな […]
日付；2023/01/19 （木） 先日にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]
日付；2022/12/29（木） 12月の半ばに10xGenomicsのユーザーグループミーティングという、ちょっとしたセミナーに参加してきた。そこでは10xGenomicsのsingle cell RNA seqeuence（scRNA-seq）のライブラリ調整キットを使った研究の紹介を通して、どんな分野に応用しているのか、ということが発表されていた。 発表された研究内容としては正直普通であって […]
