Ryzen 9 9950Xで解析用コンピューターを組んだ
日付;2024/11/04(月) はじめに これまで、マウスコンピューターのmouse K5というラップトップで解析を行ってきたが、これでTCGAなどのように数千人のデータだったり、シングルセルRNA-seqだったりの解析ではさすがに厳しくなってきた。一つのコードチャンクを走らせるのに数時間も数日も費やすのは時間がいくらあっても足りないような気がする。期限付きの解析もあったりするわけで、これではち […]
日付;2024/11/04(月) はじめに これまで、マウスコンピューターのmouse K5というラップトップで解析を行ってきたが、これでTCGAなどのように数千人のデータだったり、シングルセルRNA-seqだったりの解析ではさすがに厳しくなってきた。一つのコードチャンクを走らせるのに数時間も数日も費やすのは時間がいくらあっても足りないような気がする。期限付きの解析もあったりするわけで、これではち […]
日付;2024/10/14(月) 1.はじめに 最近、職場でトランスレーショナルスタディーっぽい解析をすることが多く、そのために比較的大きなコンピューターを買った(2年前の1.5倍から2倍くらいの性能のコンピューターを、それと同じくらいの価格で購入した。コンピューターの大きさも半分くらいしかない。)のだが、色々あって、それをちょっとしたサーバーとして使用しなくてはならない可能性がある。そこで、その […]
日付;2024/05/28(火) 実験ノートとは別に、エクセルを使って実験番号と内容の対応表を別に記録しておくとする。そこに、例えば、Not yet、planning、ongoingなどのステータスを記載する列を各とする。こういった列は内容が一貫しており、別の値が入ってきたりはそうそうしないわけである。そんなときは、ドロップダウンにしてしまうのが、いちいち入力しなくて良いので楽である。でも、そのエ […]
日付;2022/08/20(土) macbook pro (13inch, early 2011)が限界 以下の画像は、今の職場でちょっとした好奇心で行っているRNA-seqの解析の一部であるSTARによるリファレンスシークエンスへのマッピングの結果である。 今年はまだ現職について3か月くらいしか経っていないので、科研費申請を行えるだけの基礎データが、はっきり言って皆無である。それに、その職場がコ […]
日付;2022/02/05(土) パソコンを使い始めてもう20年くらい経つが、パソコンで日本語を打つときはローマ字を使っており、キーボードが日本語キー対応であったとしても日本語キーを使ったことがない。Macを使って10年くらいになるが、もはやキーボードも英語で、日本語を打つときもローマ字打ちであり、あの日本語キーをつかったことは今まで一度もない。むしろ、日本語キーになっていたらそのキーボードは異常 […]
日付;2021/12/25(土) かなりの高確率で来年の5月には日本に帰国することが決定した。なので、最近は少しでもアメリカでの生活時に普通だったことと、アメリカで体験したイベントについてビデオに撮ることにしている。そこで購入したのがGoPro7(現時点で最新バージョンはGoPro10。)である。200ドルちょっとだったので、良い買い物だったと思う。 しかし、問題もある。GoPro7はデータ保存時 […]
日付;2021/10/16(土) Macbook pro 13 inch(early 2011)(MBP13)のDebianで使っているWifiルーター(Elecom, WDC-867DU3S)の調子が以前からあまり良くない。5GHzが繋がらないときが多い。2GHzは問題なく通じるので、またぶっ壊れてきているのだろう。因みにこのMBP13のビルトインのWifiチップは既に二代目であり、その2代目さ […]
日付;2021/05/30(日) 自分の持つパソコンの老朽化が進んでいる。Macbook Pro 15 inch (Mid 2015)だってもう6年前、Macbook Pro 13 inch (Early 2011)は10年前、Dell M4800(Windows10/Debian9)はすでにぶっ壊れている。Vaio Pro 11 inch(Windows10)は確か2013か2014年くらいに完 […]
日付;2021/05/29(土) 背景 RNA-seq解析用として使っていたDell M480が瀕死で、たまにしか起動せず、使い物にならない。これはもう瀕死とかではなく、死亡である。それに、Maccbook Pro 13 inch (Early 2011)も徐々に老朽化してきており、macOS High Sierraからアップグレードできないという状況である。これについては、2月にWifiカードを […]