2025/12/14（日）；初稿 はじめに 以前、TCGA（The Cancer Genome Atlas）に登録されたデータをダウンロードしたが、ここではTCGAのデータを使って各疾患毎の患者の生存率をカプランマイヤー法により解析する方法を述べる。これらはがんや腫瘍の遺伝子発現や遺伝子変異とそれに紐づく患者の情報であり、他の解析（基礎実験など）で疾患に関連しそうな遺伝子やタンパク質が見つかった場 […]
2025/10/04（土）；初稿2025/11/08（土）；追記；並列化が元から組み込まれているライブラリに対してforeachを使うのはそもそも良くない。 はじめに 以前TCGAやCPTACのデータをダウンロードしたが、最近はこれまで解析を行ってきた解析手順や手法をブログに記録しておくためそのデータを使って色々と解析を行っている。今後のためにと思って、多少無茶な解析でも行っているわけだが、そのと […]
日付；2025/05/8（木） はじめに ある薬剤にして何らかの生物現象、例えば、標的分子の発現量の減少、増殖能の抑制、アポトーシスの発生率等に対する薬効を数値化し、横軸（X軸）に用量（ここではDose）、縦軸（Y軸）に反応性（ここではResponse）をとってグラフ化すると、いわゆる「シグモイドカーブ」という曲線に従うことが多い。特に、あるタンパク質に対するリガンドの結合と、結果して起こるタンパ […]
日付；2025/03/16（日） Uniprotを使った簡単なMSA（Multiple Sequence Alighment) 仕事で現在行っているプロジェクトが一段落しそうな雰囲気が出来てきた。この仕事をやりきった上で今年の7月に夏休みをとろうって感じになっている。そして、そのプロジェクトが一段落する時点で、タンパク質-タンパク質相互作用（Protein-Protein Interaction; […]
日付；2025/02/11（火） はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去（アダプタートリミング）、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]
日付；2025/01/11（土）、2025/01/30（木）タイトル修正 はじめに 小さな研究室やアカデミックではRNA-seqの解析のためにN=5で2グループ取ることができれば上等で、経費を抑えるためにN=3や、最悪ではあるがN=2や1で解析を計画してしまうことも少なくないように思う。しかし、今回はそういうことはなく、N=5で合計40サンプルで行うことができた。しかし、こういった場合はやはり一連 […]
2024/12/7（土）；初稿2024/12/10（火）；SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった。2024/12/12（木）；結局キャシュの定期クリアを設定する。2024/12/22（日）；ちゃんとSWAPが利用されていた。 2025/09/28（日）; crontabのところを訂正。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellrang […]
日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]
日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]
日付；2024/06/23（日）、2025/04/03（木）ssGSEA2に使用するGCTファイルについて追記 はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad in […]