pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする
日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]
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解析
gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする
日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]
RによるssGSEA（single sample Gene Set Enrichment Analysis）とその方法
日付；2024/06/23（日） はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を１とか２しか採 […]
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis)の手順と結果の見方
日付；2024/05/26（日） 以前、Preranked GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）について時々使う必要があるために覚書として記載したが、そいうえば、複数サンプルの場合の一般的なGSEAについては書いたことがなかったためにここで記載しておく。データのフォーマットとか、どの変数に何を入れるとか、いちいち忘れてマニュアルを見る羽目になるので、実行の手順を書い […]
RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ
日付；2024/05/19（日） 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]
シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ
日付；2024/04/28（日） 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）解析のためのパッケージをインストールした。Pythonのパッケージは比較的（最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要があると思う。）先進的で格好の良い解析方法が多く、かつ、Rよりも計算速度が圧倒的に早いという特徴があり、個人的にはpythonのようが […]
Githubの使い方
日付；2024/04/27（土） 今日、さすがにGithubを使い出した。セットアップが結構勉強になったので、そのときの日記。 Githubの必要性を感じる 最近自分はつくづく医学系の基礎研究者だなぁ（つまり、コンピューター解析の研究者や開発者ではなく）と思う。だからこそ、これまで大規模なコードなんか書かずに、すなわち、Gitを使ってログなんかを取らずに必要性だけでコンピューター解析を行ってきたの […]
シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする
日付；2024/04/28（土） シングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。例えば, velocyte（Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。）やscVeloはRNA velo […]
Seurat v.5をインストールする
日付；2024/04/06（土） 以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5（v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン５をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった（version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。） […]
遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする
日付；2024/03/24（日） 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス（バルク）やシングルセ […]