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解析

Uniprotでタンパク質のMSA(Multiple Sequence Alignment)を行う

日付;2025/03/16(日) Uniprotを使った簡単なMSA(Multiple Sequence Alighment) 仕事で現在行っているプロジェクトが一段落しそうな雰囲気が出来てきた。この仕事をやりきった上で今年の7月に夏休みをとろうって感じになっている。そして、そのプロジェクトが一段落する時点で、タンパク質-タンパク質相互作用(Protein-Protein Interaction; […]

edgeRによる遺伝子発現解析・GSEAとclusterProfierによるパスウェイ解析

日付;2025/02/11(火) はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去(アダプタートリミング)、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]

RNA-seqの解析におけるFASTQのQC・アダプター配列の除去・マッピング・リードカウントの方法

日付;2025/01/11(土)、2025/01/30(木)タイトル修正 はじめに 小さな研究室やアカデミックではRNA-seqの解析のためにN=5で2グループ取ることができれば上等で、経費を抑えるためにN=3や、最悪ではあるがN=2や1で解析を計画してしまうことも少なくないように思う。しかし、今回はそういうことはなく、N=5で合計40サンプルで行うことができた。しかし、こういった場合はやはり一連 […]

cellranger countがメモリ不足で止まる場合の対処方法

日付;2024/12/7(土)、2024/12/10(火)SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった、2024/12/12(木)結局キャシュの定期クリアを設定する、2024/12/22(日)ちゃんとSWAPが利用されていた。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellranger 9.0.0には、新しくcellranger anniotat […]

pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする

日付;2024/10/27(日) はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の10倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]

gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする

日付;2024/10/26(土) はじめに TCGA(The Cancer Genome Atlas Program)は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ(Controlled data;オープンアクセスではないデータ)もあ […]

RによるssGSEA(single sample Gene Set Enrichment Analysis)とその方法

日付;2024/06/23(日) はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA(ssGSEA)する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を1とか2しか採 […]

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)の手順と結果の見方

日付;2024/05/26(日)、2025/02/15(土)他の記事でもGSEAを書いたことを記載。 以前、Preranked GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)について時々使う必要があるために覚書として記載したが、そいうえば、複数サンプルの場合の一般的なGSEAについては書いたことがなかったためにここで記載しておく。データのフォーマットとか、どの変数に何を入れる […]

RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ

日付;2024/05/19(日) 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付;2024/04/28(日) 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)解析のためのパッケージをインストールした。その記事はここに記したので、PythonでシングルセルRNAシークエンスのデータを解析したい方は、それを参考にしていただきたい。Pythonのパッケージは比較的(最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要がある […]