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使い方

  • 2024年10月27日
  • 2025年3月25日

gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする

日付;2024/10/26(土) はじめに TCGA(The Cancer Genome Atlas Program)は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ(Controlled data;オープンアクセスではないデータ)もあ […]

  • 2024年6月23日
  • 2025年3月25日

RによるssGSEA(single sample Gene Set Enrichment Analysis)とその方法

日付;2024/06/23(日) はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA(ssGSEA)する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を1とか2しか採 […]

  • 2024年5月27日
  • 2025年3月26日

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)の手順と結果の見方

日付;2024/05/26(日)、2025/02/15(土)他の記事でもGSEAを書いたことを記載。 以前、Preranked GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)について時々使う必要があるために覚書として記載したが、そいうえば、複数サンプルの場合の一般的なGSEAについては書いたことがなかったためにここで記載しておく。データのフォーマットとか、どの変数に何を入れる […]