Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール
日付；2023/02/24（金） 日付；2024/03/31（日）；有料化 シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル（I1、I2.fastq）とcDNAのリード（R1.fastq、R2.fastq）の４つ（実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。）が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファ […]
TAG
10xGenomics
シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である
日付；2023/01/19 （木） 先日にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]
数年後は固定サンプルを使ったsingle cell RNA sequenceが主流になると思う
日付；2022/12/29（木） 12月の半ばに10xGenomicsのユーザーグループミーティングという、ちょっとしたセミナーに参加してきた。そこでは10xGenomicsのsingle cell RNA seqeuence（scRNA-seq）のライブラリ調整キットを使った研究の紹介を通して、どんな分野に応用しているのか、ということが発表されていた。 発表された研究内容としては正直普通であって […]