RNA-seqにおけるQC・アダプター配列の除去・マッピング・リードカウントの方法
日付；2025/01/11（土） はじめに 小さな研究室やアカデミックではRNA-seqの解析のためにN=5で2グループ取ることができれば上等で、経費を抑えるためにN=3や、最悪ではあるがN=2や1で解析を計画してしまうことも少なくないように思う。しかし、今回はそういうことはなく、N=5で合計40サンプルで行うことができた。しかし、こういった場合はやはり一連の解析に時間がかかるので大変である。この […]
TAG
bowtie2
WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする
日付；2022/08/22（月） これまでにWindows 11のWindows subsystems for Linux（wsl、バージョン2; wsl2）にUbuntu（20.04）をインストールしたので、 今回はRNA-seqの解析で、特にリードのフィルタリング、リファレンスシークエンス、マッピング、いわゆるプリプロセッシングというヤツに主に使うソフトをインストールしたいと思う。これらは既に […]