cellranger count

cellranger countがメモリ不足で止まる場合の対処方法

日付；2024/12/7（土）、2024/12/10（火）SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった。、2024/12/12（木）結局キャシュの定期クリアを設定する。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellranger 9.0.0には、新しくcellranger anniotateが加わったらしい。この機能を使用するためには登録が必要で […]

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]