cellranger count

• 2024年12月8日
• 2025年10月4日

cellranger countがメモリ不足で止まる場合の対処方法

2024/12/7（土）；初稿2024/12/10（火）；SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった。2024/12/12（木）；結局キャシュの定期クリアを設定する。2024/12/22（日）；ちゃんとSWAPが利用されていた。 2025/09/28（日）; crontabのところを訂正。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellrang […]

• 2023年2月19日
• 2025年5月10日

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]