Mac

• 2024年10月27日
• 2025年3月25日

pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする

日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]

• 2024年10月27日
• 2025年3月25日

gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする

日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]

• 2024年10月25日
• 2024年10月27日

SWAP領域の設定

日付；2024/10/25（金） ゲノム、RNAシークエンス、シングルセルRNAシークエンス、TCGA等の公開データの解析では、一般的なコンピューターよりもかなり大量のメモリが必要になる。サンプル数や症例数が10程度であればメモリを64GB程度積んだコンピューターでも可能であるが、結局物理メモリをほぼ使い果たしてしまうと思う。昨今では128GB以上メモリを積むことができるようになってきているが、そ […]