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R

  • 2025年2月12日
  • 2025年4月8日

edgeRによる遺伝子発現解析・GSEAとclusterProfierによるパスウェイ解析

日付;2025/02/11(火) はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去(アダプタートリミング)、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]

  • 2024年3月31日
  • 2024年4月7日

遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする

日付;2024/03/24(日) 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス(バルク)やシングルセ […]

  • 2022年6月11日
  • 2023年11月21日

Windows11にRをインストールしたときに出る環境変数のWarningを直す

日付;2022/06/11(土)、2022/10/2(日)訂正 最近、MacはIntel以外のCPUになってしまったし、今仕事で使っているソフトウェアで必要なものは、Image J、Rくらいしかない。場合によってはたまにPythonなんかも使うが、そういうときは大体Linuxを使ってしまう。なので、職場ではWindows11のPCを買ってもらった。そして、最近Rstudioをインストールしたのたが […]

  • 2022年4月24日
  • 2025年2月15日

Rによる表やテーブルの読み込み

日付;2022/04/24(日)Rによるデータ解析(その1) Rを使ってデータを解析するとき、必ずデータセットを読み込む必要がある。ここではその方法を述べる。言っておくが、これは基礎医学・生物学研究で基本的に行う解析のみを述べるので、他にもいくらでも方法があるし、必要とあれば別の方法を述べなくてはならない。しかし、それを言っていてはキリがないので、そういうことは述べないことにする。しかし、正直なと […]

  • 2022年4月21日
  • 2025年2月15日

実験データの解析はエクセルではなくRを使った方がその研究は成功する

日付;2022/04/20 (水) なぜエクセルやGraphPad Prismが今も主流なのか 基礎医学や生物学の研究者は未だマイクロソフトのエクセルを使っている者がほとんどでは無いかと思う。その理由は、これらの分野での主な実験は、ある遺伝子をノックアウトしたり、逆にその遺伝子発現を増やしたり、その結果として起こる生物学的な変化を観察したりして、その分子が関連するメカニズムを解明することであり、極 […]

  • 2021年9月6日
  • 2024年7月13日

FLASH照射について (その7)

今回はこの論文を思う存分評論してやろうと思う。 論文 Simmons DA, Lartey FM, Schüler E, et al. Reduced cognitive deficits after FLASH irradiation of whole mouse brain are associated with less hippocampal dendritic spine loss an […]

  • 2021年3月13日
  • 2022年4月12日

脱エクセル

日付;2021/03/12(金) 今行っている動物実験もようやく終わりに近づいている。それに、ミーティングでデータを示さなくてはならない。しかし、本当ならば今日だったミーティングが3月15日(月)に延期された。正直、対照群の値がバラついてしまい、統計解析をやる気になれないし、今日のミーティングがなくなったお陰ですっかり予定が狂ってしまった。というか、論文を再々投稿したばかりなので、正直新しく実験を […]