RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ
日付；2024/05/19（日） 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]
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WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする
日付；2022/08/22（月） これまでにWindows 11のWindows subsystems for Linux（wsl、バージョン2; wsl2）にUbuntu（20.04）をインストールしたので、 今回はRNA-seqの解析で、特にリードのフィルタリング、リファレンスシークエンス、マッピング、いわゆるプリプロセッシングというヤツに主に使うソフトをインストールしたいと思う。これらは既に […]
macbook pro (13inch, early 2011)でのRNA-seqが遅すぎて限界なのでmouse K5を購入した
日付；2022/08/20（土） macbook pro (13inch, early 2011)が限界 以下の画像は、今の職場でちょっとした好奇心で行っているRNA-seqの解析の一部であるSTARによるリファレンスシークエンスへのマッピングの結果である。 今年はまだ現職について3か月くらいしか経っていないので、科研費申請を行えるだけの基礎データが、はっきり言って皆無である。それに、その職場がコ […]
Macbook Pro 15 inch (Mid 2015)に入ったDebian 9でSTARのGenome Indexを作成する
日付；2021/05/31（月） 昨日、Macbook Pro 15 inch (Mid 2015) （MBP15）にDebian 9をインストールし、RNA-seqのプリプロセッシングに必要なソフトをインストールした。方法は過去にVirtualBox中のDebain 9にインストールしたときとほぼ同じであった。 このMBP15は、CPU intel core i7-2620M (2 cores […]
VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする
日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]