SWAP

解析

cellranger countがメモリ不足で止まる場合の対処方法

日付；2024/12/7（土）、2024/12/10（火）SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった。、2024/12/12（木）結局キャシュの定期クリアを設定する。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellranger 9.0.0には、新しくcellranger anniotateが加わったらしい。この機能を使用するためには登録が必要で […]

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コンピューター

SWAP領域の設定

日付；2024/10/25（金） ゲノム、RNAシークエンス、シングルセルRNAシークエンス、TCGA等の公開データの解析では、一般的なコンピューターよりもかなり大量のメモリが必要になる。サンプル数や症例数が10程度であればメモリを64GB程度積んだコンピューターでも可能であるが、結局物理メモリをほぼ使い果たしてしまうと思う。昨今では128GB以上メモリを積むことができるようになってきているが、そ […]

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解析

遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする

日付；2024/03/24（日） 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス（バルク）やシングルセ […]

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解析

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]

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