日付；2024/06/23（日）、2025/04/03（木）ssGSEA2に使用するGCTファイルについて追記 はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad in […]
日付；2022/07/16（土）Rによるデータ解析（その５） ボックスプロット（箱ひげ図）は、N数が10くらいあり、かつ、そのデータが正規分布していないような、というか、動物実験のデータなんかではとても便利なグラフである。また、エクセルでこのボックスプロットを作成しようとしてもなかなか難しい作図の一つであると思う。N=10くらいのデータでは、データを要約しようと思うと、平均値±標準偏差よりもデータ […]
日付；2022/07/15(土）Rによるデータ解析（その3） Rを使っていて便利だと思うことが、時系列のデータ解析だと思う。リアルタイムでデータの推移を見るという目的にはもしかしたら向いてないかもしれない（自分が知らないだけだと思う。）が、２，３日毎に取得してモニターする様な、例えば腫瘍系や増殖能の評価には非常に優れた方法だと思う。エクセルでは、いちいちグループを手作業でまとめて、よくわからんフォ […]
日付；2022/04/25（月）Rによるデータ解析（その２） ここでは、Rを使って、データセットを整形するための方法を述べる。基礎医学・生物学で利用するデータセットはそんなに大きくないし、複雑でもない。もし何かおかしなレコードがあれば、個別に対応することも可能である。したがって、自分はここに述べるような方法で十分に実験データやTCGAの解析ができていた。これでRを使ったデータ整形はだいたいイケるの […]
日付；2022/04/24（日）Rによるデータ解析（その１） Rを使ってデータを解析するとき、必ずデータセットを読み込む必要がある。ここではその方法を述べる。言っておくが、これは基礎医学・生物学研究で基本的に行う解析のみを述べるので、他にもいくらでも方法があるし、必要とあれば別の方法を述べなくてはならない。しかし、それを言っていてはキリがないので、そういうことは述べないことにする。しかし、正直なと […]
