pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする
日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]
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ubuntu 22.04
gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする
日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]
WindowsクライアントからOpenSSHを使ってLinuxサーバーに接続して解析する
日付；2024/10/14（月） １．はじめに 最近、職場でトランスレーショナルスタディーっぽい解析をすることが多く、そのために比較的大きなコンピューターを買った（2年前の1．5倍から2倍くらいの性能のコンピューターを、それと同じくらいの価格で購入した。コンピューターの大きさも半分くらいしかない。）のだが、色々あって、それをちょっとしたサーバーとして使用しなくてはならない可能性がある。そこで、その […]
遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする
日付；2024/03/24（日） 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス（バルク）やシングルセ […]