日付；2021/05/02（日）
RNA-seq解析用の Dell Precision M4800が瀕死である。今後のRNA-seq解析に備えて、VirtualBoxにM4800をカバーできるまでの環境を立ち上げようと思う。
1. VirtualBoxのインストール
まず、VirtualBoxをダウンロードし、インストールする。
2. Debian 9をインストール
次に、Debian 9をVirtualBoxにインストールする。
RNA-seq解析用なので1024MBは明らかに不足している。しかし、ホストのRAMは16GBしかないので、8192MB（8GB）くらいにする。
3. VirtualBox extension packをインストール。
HDDを繋げないといけない。このためにVirtualBox 6.1.22 Oracle VM VirtualBox Extension Packをダウンロードし、インストールする。しかし、なんでこんなもん始めからインストールされてないんだ。ナンセンスなことすんじゃねぇよOracleが。デフォルトUSB1.1って、すこし考えてみろよ。
- VirtualBox 6.1.22 Oracle VM VirtualBox Extension Pack（ファイルへのリンクを直接貼ってるので注意。クリックしたらダウンロードが始まる）をダウンロード。
- ダウンロードしたファイルをダブルクリックでインストール。
4. SWAP領域の確保。
このDebian 9はRNA-seq解析用である。そのリードのマッピングには、安定のSTARを使いたい。それに、これまでもSTARを使って解析してきているので、これは必要である。しかしSTARの問題点は明らかにメモリの消費量が多いことだと思う。実際、GENECODEのPrimary assambly（GTFファイル）を使ってインデックスを作るとき、さらにそのインデックスを使ってリードをマッピングするときは32GBでも足りない。どうやら、約45GBくらいが最低限必要らしい。経験的にSWAP領域を増やせば、ちゃんとインデックスファイルが作成でき、さらにマッピングもできていたので、ここでもSWAP領域を増やそうと思う。参考にしたサイトはここ。以下はちょっとだけ変えている。
su
fallocate -l 64GB /swapfile
chmod 600 /swapfile
mkswap /swapfile
swapon /swapfile
gedit /etc/fstab
「/swapfile swap swap defaults 0 0」を追加してSave。
swapon –show
free -h
ちなみに、消すときは
swapoff -v /swapfile
gedit /etc/fstab
「/swapfile swap swap defaults 0 0」を消してSave。
rm /swapfile
らしい。
近々、ほかのソフトも入れようと思う。いれないといけないのは、以下くらい。当然、そのソフトを入れるために必要なソフトも入れないと行けない。ホストとゲスト間の共有フォルダを作るのはなんだか面倒くさそうなので、Dropboxを使う。こっちのほうが他のパソコンともリンクできるので、何かと便利な気がする。
- Dropbox
- Chrome
- anaconda
- Rstudio
- ATOM
- MOZC
- FastQC
- Trimmomatic
- PRINSEQ++
- STAR
- samtools
- Subread(featureCountのため）
- RSeQC
あと、どうやらmakeとかgccとか、そういうヤツもインストールしないと行けないらしい。マジか。
