cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する
日付；2023/02/25（土）、2023/02/28（火）訂正、2024/03/31（日）有料化 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあた […]
YEAR
2023年
Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール
日付；2023/02/24（金） 日付；2024/03/31（日）；有料化 シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル（I1、I2.fastq）とcDNAのリード（R1.fastq、R2.fastq）の４つ（実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。）が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファ […]
シングルセルRNAシークエンスの外注で日本の科学技術の衰退が半端ではないことを思い知る
日付；2023/02/04（土）追記；2023/02/19（土） ２週間くらい前にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ調整を行い、次はサンプルのシークエンスを行わなくてはならない。研究所にシークエンサーは無いので、これを外注する必要がある。基本的には多くの施設で外注だろうと思う。たとえ大学内にシークエンサーを持っている部署があったとしても、なんやかやで外注みたいな形にな […]
シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である
日付；2023/01/19 （木） 先日にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]