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Kats
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Kats

これまで放射線治療の基礎研究、乳がんの遺伝子診断に関する研究に携わってきました。また、アメリカではポスドクとしてトリプルネガティブ乳がんに対する新規分子標的薬の影響に関して研究をしてきました。2022年から改めて日本で研究活動を再開することになりました。このブログでは日頃の研究活動から学んだことや考えたことを記録していこうと思います。多くが愚痴になってしまうかもしれません。この記録が自分の忘備録として、そしてすこしでも誰かの参考になるようであれば、それでいいんじゃあないかと思っております。

  • 2025年5月8日
  • 2025年5月8日

用量反応関係(dose-response relationship)の測定結果をRのパッケージminpack.lmを使ってヒルの式にフィッティングしEC50を求める

日付;2025/05/8(木) はじめに ある薬剤にして何らかの生物現象、例えば、標的分子の発現量の減少、増殖能の抑制、アポトーシスの発生率等に対する薬効を数値化し、横軸(X軸)に用量(ここではDose)、縦軸(Y軸)に反応性(ここではResponse)をとってグラフ化すると、いわゆる「シグモイドカーブ」という曲線に従うことが多い。特に、あるタンパク質に対するリガンドの結合と、結果して起こるタンパ […]

  • 2025年5月4日
  • 2025年5月4日

実験ノートについて(その2)エクセルを使った実験ノート

日付;2025/05/04(日) はじめに 2024年の1月から小さな創薬ベンチャーで実験しているわけだが、ここに来て実験ノートって重要なんだなってことがよくわかった。特に最近は、とある申請を行うために、まるでCRO(Contract Research Organization)かよっていうくらいしっかりした報告書を書く必要があった。そのときに実験ノートの重要性を認識したという感じである。 そうい […]

  • 2025年3月30日
  • 2025年4月8日

Blu-rayから映画・動画を力技により無料でコピー(リッピング・ダビング)する

日付;2025/03/30(日) はじめに 昨今ではNetflixだのAmazon Prime Videoだのとオンラインの映画、動画配信が一般的になっており、なんやったら地上波のドラマやテレビ番組もオンラインでおそらく公式のメディアとして配信されている。これらには月々で下手すると2000円くらい支払っている人もかなり多いはずであり、だからこそ、例えばYoutubeなどで面白そうな違法なショートム […]

  • 2025年3月16日
  • 2025年3月16日

Uniprotでタンパク質のMSA(Multiple Sequence Alignment)を行う

日付;2025/03/16(日) Uniprotを使った簡単なMSA(Multiple Sequence Alighment) 仕事で現在行っているプロジェクトが一段落しそうな雰囲気が出来てきた。この仕事をやりきった上で今年の7月に夏休みをとろうって感じになっている。そして、そのプロジェクトが一段落する時点で、タンパク質-タンパク質相互作用(Protein-Protein Interaction; […]

  • 2025年2月12日
  • 2025年4月8日

edgeRによる遺伝子発現解析・GSEAとclusterProfierによるパスウェイ解析

日付;2025/02/11(火) はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去(アダプタートリミング)、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]

  • 2025年1月11日
  • 2025年3月25日

RNA-seqの解析におけるFASTQのQC・アダプター配列の除去・マッピング・リードカウントの方法

日付;2025/01/11(土)、2025/01/30(木)タイトル修正 はじめに 小さな研究室やアカデミックではRNA-seqの解析のためにN=5で2グループ取ることができれば上等で、経費を抑えるためにN=3や、最悪ではあるがN=2や1で解析を計画してしまうことも少なくないように思う。しかし、今回はそういうことはなく、N=5で合計40サンプルで行うことができた。しかし、こういった場合はやはり一連 […]

  • 2024年12月14日
  • 2024年12月14日

Geforce RTX3060のドライバーを更新する

日付;2024/12/14(土) はじめに 現在使用しているコンピューターには最安Geforce RTX3060が積んである。このコンピューターを組んだとき、インターネットで引っかかってきた情報を元に、とりあえず、特に何も考えずにsudo apt unstall nvidia-driver-535したのだが、それではcuda 12.2のようだ。諸事上によりcuda 12.6がほしく、そのためにve […]

  • 2024年12月8日
  • 2025年2月1日

cellranger countがメモリ不足で止まる場合の対処方法

日付;2024/12/7(土)、2024/12/10(火)SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった、2024/12/12(木)結局キャシュの定期クリアを設定する、2024/12/22(日)ちゃんとSWAPが利用されていた。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellranger 9.0.0には、新しくcellranger anniotat […]