Geforce RTX3060のドライバーを更新する
日付；2024/12/14（土） はじめに 現在使用しているコンピューターには最安Geforce RTX3060が積んである。このコンピューターを組んだとき、インターネットで引っかかってきた情報を元に、とりあえず、特に何も考えずにsudo apt unstall nvidia-driver-535したのだが、それではcuda 12.2のようだ。諸事上によりcuda 12.6がほしく、そのためにve […]
cellranger countがメモリ不足で止まる場合の対処方法
日付；2024/12/7（土）、2024/12/10（火）SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった。、2024/12/12（木）結局キャシュの定期クリアを設定する。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellranger 9.0.0には、新しくcellranger anniotateが加わったらしい。この機能を使用するためには登録が必要で […]
Both r8168-dmks and r8125-dmks are required for ethernet connection of Ubuntu 22.04 on ASUS PRIME X870-P WIFI-CSM mother board
Data; 11/27/2024 (Wed)Revision; 12/05/2024 (Thu); Title was changed from “r8168-dmks instead of r8125-dmks perfectlly worked for ethernet connection of Ubuntu 22.04 on ASUS PRIME X870-P WIFI-CSM […]
Ryzen 9 9950Xで解析用コンピューターを組んだ
日付；2024/11/04（月）、2024/11/24（日）LAN Driverについて追記、2024/12/04（水）psensorによるモニタリングについて追記、2024/12/08（日）psensorではなくメモリ不足にだったことを追記 はじめに これまで、マウスコンピューターのmouse K5というラップトップで解析を行ってきたが、これでTCGAなどのように数千人のデータだったり、シングル […]
pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする
日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]
gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする
日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]
WindowsクライアントからOpenSSHを使ってLinuxサーバーに接続して解析する
日付；2024/10/14（月） １．はじめに 最近、職場でトランスレーショナルスタディーっぽい解析をすることが多く、そのために比較的大きなコンピューターを買った（2年前の1．5倍から2倍くらいの性能のコンピューターを、それと同じくらいの価格で購入した。コンピューターの大きさも半分くらいしかない。）のだが、色々あって、それをちょっとしたサーバーとして使用しなくてはならない可能性がある。そこで、その […]
RによるssGSEA（single sample Gene Set Enrichment Analysis）とその方法
日付；2024/06/23（日） はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を１とか２しか採 […]
エクセルでドロップダウンを入力する
日付；2024/05/28（火） 実験ノートとは別に、エクセルを使って実験番号と内容の対応表を別に記録しておくとする。そこに、例えば、Not yet、planning、ongoingなどのステータスを記載する列を各とする。こういった列は内容が一貫しており、別の値が入ってきたりはそうそうしないわけである。そんなときは、ドロップダウンにしてしまうのが、いちいち入力しなくて良いので楽である。でも、そのエ […]