- 2025年10月6日
- 2025年10月7日
２つ目の創薬ベンチャーに転職することにした
日付；2025/10/06（月） はじめに 2つ目の創薬ベンチャーに転職することにした理由を覚書しておこう思う。特に面白いことを書いているわけではないが、こうやって記録しておかないとどうしても後で忘れてしまう。これは自分が２社目のベンチャーに転職に至った理由を書いたものであり、同時に、創薬ベンチャーが短期間で何らかの成果を残し収益につなげるうえでの実際の落とし穴の一例と考えている。 この会社の人た […]
- 2025年10月4日
- 2025年10月4日
大きなデータセットのssGSEA2やforeachによるマルチスレッディングのときに突然RStudioが落ちる場合の対処方法
2025/10/04（土）；初稿 はじめに 以前TCGAやCPTACのデータをダウンロードしたが、最近はこれまで解析を行ってきた解析手順や手法をブログに記録しておくためそのデータを使って色々と解析を行っている。今後のためにと思って、多少無茶な解析でも行っているわけだが、そのときに自分の能力では追いつかないほどのどうしようもない問題に当たってしまった。現在はRyzen 9 9950Xを使っているのだ […]
- 2025年8月26日
- 2025年9月17日
就職する創薬ベンチャーやスタートアップの選び方
日付；2025/08/26（火） はじめに 創薬ベンチャーで１年半ほど業務をしてきた。そこでは、どんな創薬ベンチャーで履歴書や職務経歴書を発展させることが出来るか、逆に出来ないのかということを自分なりに学ぶことが出来た。それをまとめておく。注意点としては、この記事に記載した内容は自分なりの考え方であり、万人に適用されるものでもないということだ。それでも、ここに書いてあることは、いくらかは正しいこと […]
- 2025年5月8日
- 2025年9月9日
用量反応関係（dose-response relationship）の測定結果をRのパッケージminpack.lmを使ってヒルの式にフィッティングしEC50を求める
日付；2025/05/8（木） はじめに ある薬剤にして何らかの生物現象、例えば、標的分子の発現量の減少、増殖能の抑制、アポトーシスの発生率等に対する薬効を数値化し、横軸（X軸）に用量（ここではDose）、縦軸（Y軸）に反応性（ここではResponse）をとってグラフ化すると、いわゆる「シグモイドカーブ」という曲線に従うことが多い。特に、あるタンパク質に対するリガンドの結合と、結果して起こるタンパ […]
- 2025年5月5日
- 2025年9月9日
How to install and activate bluetooth driver of Ubuntu 22.04 on ASUS PRIME X870-P WIFI-CSM mother board
Data; 2025/05/05 (Mon) Introduction I am now using Ubuntu 22.04 on ASUS PRIME X870-P WIFI-CSM mother board. However, the computer had not been not able to connet any bluetooth devices since the comput […]
- 2025年5月4日
- 2025年9月9日
実験ノートについて（その２）エクセルを使った実験ノート
日付；2025/05/04（日） はじめに ２０２４年の１月から小さな創薬ベンチャーで実験しているわけだが、ここに来て実験ノートって重要なんだなってことがよくわかった。特に最近は、とある申請を行うために、まるでCRO（Contract Research Organization）かよっていうくらいしっかりした報告書を書く必要があった。そのときに実験ノートの重要性を認識したという感じである。 そうい […]
- 2025年3月30日
- 2025年9月9日
Blu-rayから映画・動画を力技により無料でコピー（リッピング・ダビング）する
日付；2025/03/30（日） はじめに 昨今ではNetflixだのAmazon Prime Videoだのとオンラインの映画、動画配信が一般的になっており、なんやったら地上波のドラマやテレビ番組もオンラインでおそらく公式のメディアとして配信されている。これらには月々で下手すると2000円くらい支払っている人もかなり多いはずであり、だからこそ、例えばYoutubeなどで面白そうな違法なショートム […]
- 2025年3月16日
- 2025年9月9日
Uniprotでタンパク質のMSA(Multiple Sequence Alignment）を行う
日付；2025/03/16（日） Uniprotを使った簡単なMSA（Multiple Sequence Alighment) 仕事で現在行っているプロジェクトが一段落しそうな雰囲気が出来てきた。この仕事をやりきった上で今年の7月に夏休みをとろうって感じになっている。そして、そのプロジェクトが一段落する時点で、タンパク質-タンパク質相互作用（Protein-Protein Interaction; […]
- 2025年2月12日
- 2025年7月10日
edgeRによる遺伝子発現解析・GSEAとclusterProfierによるパスウェイ解析
日付；2025/02/11（火） はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去（アダプタートリミング）、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]
- 2025年1月11日
- 2025年3月25日
RNA-seqの解析におけるFASTQのQC・アダプター配列の除去・マッピング・リードカウントの方法
日付；2025/01/11（土）、2025/01/30（木）タイトル修正 はじめに 小さな研究室やアカデミックではRNA-seqの解析のためにN=5で2グループ取ることができれば上等で、経費を抑えるためにN=3や、最悪ではあるがN=2や1で解析を計画してしまうことも少なくないように思う。しかし、今回はそういうことはなく、N=5で合計40サンプルで行うことができた。しかし、こういった場合はやはり一連 […]