2026/01/17（土）；初稿 はじめに Microsoft Outlookを仕事でのメールソフトとして使用している会社はかなり多いはずである。最近では、会社から支給されるコンピューターの権限が会社にあり、そして、普段からTeamsで連絡を取り合っていたり、カレンダーが共有されていたりでMicrosoft Outlook以外のソフトを主に仕事で使用するのは不便だったりする。 しかし、おそらく、世 […]
2026/01/03（土）；初稿2026/01/12（月）；追記；AnndataではなくSummerizeExperimentやMultipleAssayExperimentが使えると思う。 はじめに 以前、TCGAのデータを使って、がんや腫瘍における遺伝子発現量（RNA-seqのカウント値）と患者の生存率の関係をRで解析したが、そのときは対応する正常組織（おそらくがんや腫瘍周辺の正常部位）におけ […]
2025/12/14（日）；初稿2025/12/29（月）；訂正；カプランマイヤー法による生存率の解析；教科書（生存期間解析、ISBN978-4-254-12861-1）に従って、打ち切りの設定を確認し、生存曲線（カプランマイヤー推定値）の横軸を1825日（5年）に限定した。2026/01/03（土）；訂正；元の記事のタイトル「TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関 […]
日付；2025/10/06（月） はじめに 2つ目の創薬ベンチャーに転職することにした理由を覚書しておこう思う。特に面白いことを書いているわけではないが、こうやって記録しておかないとどうしても後で忘れてしまう。これは自分が２社目のベンチャーに転職に至った理由を書いたものであり、同時に、創薬ベンチャーが短期間で何らかの成果を残し収益につなげるうえでの実際の落とし穴の一例と考えている。 この会社の人た […]
2025/10/04（土）；初稿2025/11/08（土）；追記；並列化が元から組み込まれているライブラリに対してforeachを使うのはそもそも良くない。 はじめに 以前TCGAやCPTACのデータをダウンロードしたが、最近はこれまで解析を行ってきた解析手順や手法をブログに記録しておくためそのデータを使って色々と解析を行っている。今後のためにと思って、多少無茶な解析でも行っているわけだが、そのと […]
日付；2025/08/26（火） はじめに 創薬ベンチャーで１年半ほど業務をしてきた。そこでは、どんな創薬ベンチャーで履歴書や職務経歴書を発展させることが出来るか、逆に出来ないのかということを自分なりに学ぶことが出来た。それをまとめておく。注意点としては、この記事に記載した内容は自分なりの考え方であり、万人に適用されるものでもないということだ。それでも、ここに書いてあることは、いくらかは正しいこと […]
日付；2025/05/8（木） はじめに ある薬剤にして何らかの生物現象、例えば、標的分子の発現量の減少、増殖能の抑制、アポトーシスの発生率等に対する薬効を数値化し、横軸（X軸）に用量（ここではDose）、縦軸（Y軸）に反応性（ここではResponse）をとってグラフ化すると、いわゆる「シグモイドカーブ」という曲線に従うことが多い。特に、あるタンパク質に対するリガンドの結合と、結果して起こるタンパ […]
Data; 2025/05/05 (Mon) Introduction I am now using Ubuntu 22.04 on ASUS PRIME X870-P WIFI-CSM mother board. However, the computer had not been not able to connet any bluetooth devices since the comput […]
日付；2025/05/04（日） はじめに ２０２４年の１月から小さな創薬ベンチャーで実験しているわけだが、ここに来て実験ノートって重要なんだなってことがよくわかった。特に最近は、とある申請を行うために、まるでCRO（Contract Research Organization）かよっていうくらいしっかりした報告書を書く必要があった。そのときに実験ノートの重要性を認識したという感じである。 そうい […]
日付；2025/03/30（日） はじめに 昨今ではNetflixだのAmazon Prime Videoだのとオンラインの映画、動画配信が一般的になっており、なんやったら地上波のドラマやテレビ番組もオンラインでおそらく公式のメディアとして配信されている。これらには月々で下手すると2000円くらい支払っている人もかなり多いはずであり、だからこそ、例えばYoutubeなどで面白そうな違法なショートム […]
