日付；2025/03/16（日） Uniprotを使った簡単なMSA（Multiple Sequence Alighment) 仕事で現在行っているプロジェクトが一段落しそうな雰囲気が出来てきた。この仕事をやりきった上で今年の7月に夏休みをとろうって感じになっている。そして、そのプロジェクトが一段落する時点で、タンパク質-タンパク質相互作用（Protein-Protein Interaction; […]
日付；2025/02/11（火） はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去（アダプタートリミング）、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]
日付；2025/01/11（土）、2025/01/30（木）タイトル修正 はじめに 小さな研究室やアカデミックではRNA-seqの解析のためにN=5で2グループ取ることができれば上等で、経費を抑えるためにN=3や、最悪ではあるがN=2や1で解析を計画してしまうことも少なくないように思う。しかし、今回はそういうことはなく、N=5で合計40サンプルで行うことができた。しかし、こういった場合はやはり一連 […]
日付；2024/12/14（土） はじめに 現在使用しているコンピューターには最安Geforce RTX3060が積んである。このコンピューターを組んだとき、インターネットで引っかかってきた情報を元に、とりあえず、特に何も考えずにsudo apt unstall nvidia-driver-535したのだが、それではcuda 12.2のようだ。諸事上によりcuda 12.6がほしく、そのためにve […]
日付；2024/12/7（土）、2024/12/10（火）SWAPパーティションの導入によりSWAPが動くようになった、2024/12/12（木）結局キャシュの定期クリアを設定する、2024/12/22（日）ちゃんとSWAPが利用されていた。 はじめに 最近、新しいPCでcellranger 9.0.0を使い出した。cellranger 9.0.0には、新しくcellranger anniotat […]
Data; 11/27/2024 (Wed)Revision; 12/05/2024 (Thu); Title was changed from “r8168-dmks instead of r8125-dmks perfectlly worked for ethernet connection of Ubuntu 22.04 on ASUS PRIME X870-P WIFI-CSM […]
日付；2024/11/04（月）、2024/11/24（日）LAN Driverについて追記、2024/12/04（水）psensorによるモニタリングについて追記、2024/12/08（日）psensorではなくメモリ不足にだったことを追記 はじめに これまで、マウスコンピューターのmouse K5というラップトップで解析を行ってきたが、これでTCGAなどのように数千人のデータだったり、シングル […]
日付；2024/10/27（日） はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる物でもない。しかし、こうやってハイスループットのタンパク質発現解析方法が開発されれ […]
日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]
