fgsea

RによるssGSEA（single sample Gene Set Enrichment Analysis）とその方法

日付；2024/06/23（日） はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を１とか２しか採 […]

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付；2024/04/28（日） 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）解析のためのパッケージをインストールした。Pythonのパッケージは比較的（最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要があると思う。）先進的で格好の良い解析方法が多く、かつ、Rよりも計算速度が圧倒的に早いという特徴があり、個人的にはpythonのようが […]