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  • 2025年10月4日
  • 2025年10月4日

大きなデータセットのssGSEA2やforeachによるマルチスレッディングのときに突然RStudioが落ちる場合の対処方法

2025/10/04(土);初稿 はじめに 以前TCGAやCPTACのデータをダウンロードしたが、最近はこれまで解析を行ってきた解析手順や手法をブログに記録しておくためそのデータを使って色々と解析を行っている。今後のためにと思って、多少無茶な解析でも行っているわけだが、そのときに自分の能力では追いつかないほどのどうしようもない問題に当たってしまった。現在はRyzen 9 9950Xを使っているのだ […]

  • 2024年6月23日
  • 2025年9月21日

RによるssGSEA(single sample Gene Set Enrichment Analysis)とその方法

日付;2024/06/23(日)、2025/04/03(木)ssGSEA2に使用するGCTファイルについて追記 はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA(ssGSEA)する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad in […]

  • 2024年4月28日
  • 2025年3月25日

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付;2024/04/28(日) 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)解析のためのパッケージをインストールした。その記事はここに記したので、PythonでシングルセルRNAシークエンスのデータを解析したい方は、それを参考にしていただきたい。Pythonのパッケージは比較的(最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要がある […]