VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする
日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]
YEAR
2021年
RNA-seqやマイクロアレイの成否
日付；2021/05/05（水） RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]
VirtualBox中のDebian 9に基本的なソフトをインストールする
日付；2021/05/02（日） Dell Precision M4800がぶっ壊れた（より正しくいえば、たまにしか起動しない）ので、予備としてVirtualBoxにそれをカバーするシステムを入れようと思う。今回は、必要と思われるソフトをインストールしていく。 1.sources.listの編集 sugedit /etc/apt/sources.list で、CD-ROMへの参照を削除 apt-g […]
VirtualBaxにDebian 9をインストールする
日付；2021/05/02（日） RNA-seq解析用の Dell Precision M4800が瀕死である。今後のRNA-seq解析に備えて、VirtualBoxにM4800をカバーできるまでの環境を立ち上げようと思う。 1. VirtualBoxのインストール まず、VirtualBoxをダウンロードし、インストールする。 2. Debian 9をインストール 次に、Debian 9をVir […]
Dell Precision M4800がぶっ壊れた
日付；2021/05/01（土） 最近、ボスが助成金獲得に尽力しているようだが、これに自分の解析したRNA-seqの結果を出すと言っている。随分前の話になってしまうが、そのために色々とグラフを作ってきた。しかし、このボス、どうも自分の解析を信用していないようだ。この理由の一つはおそらく、自分はバイオインフォマティシャンではないため、もう一つは、ボス自身がほとんどコンピューター解析（バイオインフォマ […]
電子天秤をぶっ壊した
2021/04/21（水） この日、もう勘弁してほしいと思わせてくれることが起きた。 タイトル通り、現ボスが電子天秤をぶっ壊した。これで薬剤の量とかを測っていたので、マジで面倒くさい。特に現所属のラボは、動物実験に使う試薬を、使う分だけその直前に測定してバイアルから採ってから使用する、ということをやっている。この時点で、あれっと思うが。なので、電子天秤が壊れることは結構なダメージである。それに加え […]
ブロッキングに用いるスキムミルクとBSA
日付；2021/04/06（火） 先週に細胞の準備が整い、現在行っている論文を改訂するためのウェスタンブロットが先週の金曜日から始まっている。このウェスタン、どうも結果に差がないように思うのだが、どうなんだろうか。そもそも、二回目のレビューアーからの要求は、すでにそのときの実験で解決してあり、今回は「実はこうしてほしかった。」という感じの要求なので、いくらでも「前回までの要求にはすでに答えている。 […]
最近の論文投稿に必要なデータの管理方法
日付；2021/03/31（水） 現在、おそらく最後になるはずの論文原稿の改定を行っているところである（もしかしたら、この改定のあとにリジェクトなんてこともあり得るのでなんとも言えない）。レビューアーとエディターからのリクエストのうち、主に論文の図に関係してくる以下の２つについて作業を行っている。これ以外、ほとんどなにもやっていない。 結果に使用したブロットの元画像（Uncropped data） […]
レビュー依頼（２０２１年その２）
日付；2021/03/26（金） 今日、またレビューの依頼が来た。レビューの依頼が来るとまるで認められたようでちょっと嬉しくなるが、同時に粗悪研究のレビューは嫌だという憂鬱な思いも生じてくる。 今回はPubmedにもJournal Citation ReportにもDirectory of Open Access Journalにも乗っているジャーナルだ。これは自分が世話になった（と勝手に考えてい […]
PI（ボス）について思うこと（その２）
日付；2021/03/26（金） 現在、投稿中の論文の再々々投稿に向けて色々と準備をしているところであるが、その作業中、PI（ボス）というかラボについて思ったことがあるので、それらを個人的に記しておこうと思う。これは個人的な考えなので、全てに当てはまるということはないだろう。 この再々々投稿中、あまり冷静ではない（経験がないから？）うちのボスが、何をしでかすかわからないという意味でかなり心配だ。 […]