日付；2023/02/24（金）
日付；2024/03/31（日）；有料化
シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル（I1、I2.fastq）とcDNAのリード（R1.fastq、R2.fastq）の４つ（実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。）が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファレンスシークエンスにマッピングし、遺伝子にマップされたリードをカウントし、カウントマトリックス（count matrix）を作成するのがシングルセルRNAシークエンスのデータ解析の第一歩である。もしライブラリ調整キットに10xGenomicsの3′ GEX kitを使っている場合は、このCell Rangerというソフトが明らかに最も有用である。ここでは、そのCell rangerのインストール方法を述べる。尚、ここに書かれていることは、すべて10xGenomcsのインストラクション通りなので、詳しく知りたい場合はそれを参考にしたほうが賢明である。ここでは、cellrangerと書く。ここにインストラクションが乗っている（https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_in）。これをしっかりと読むべきと思う。
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