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解析

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]

cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する

日付;2023/02/25(土)、2023/02/28(火)訂正 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあたりI1、I2、R1、R2.fast […]

Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール

日付;2023/02/24(金) シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル(I1、I2.fastq)とcDNAのリード(R1.fastq、R2.fastq)の4つ(実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。)が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファレンスシークエンスにマッピングし、遺伝子に […]

monocle3のインストール

日付;2022/10/30(日) Single cell RNA sequence(scRNA-seq)の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのmonocle3のほうが扱い易いので […]

Seuratのインストール

日付;2022/10/29(土) single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット(Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1))を使っている関係から、もはやcellrangerは必須である。高次解 […]

Single SampleのGSEAについて(GSEAPreranked)

日付;2022/10/22(土) 先日、Single Sample(N=1)のRNA-seqは意味があるのか無駄なのかを書いたが、そうは言っても、いろいろな事情によりそのような解析が必要な場合もある。それに、うまく行けばのサンプルの遺伝子発現プロファイルからそのサンプルがどのような細胞や組織に属する推測できるかもしれない。「最終的にお蔵入りになるから無駄だ」とか言っている自分も、結局のところその解 […]

SRA Toolkit(sra-tools)のインストールとシークエンスリードのダウンロード

日付;2022/09/19(月)、2022/10/02(日)改定と追記 ゲノム解析で遊ぼうと思っても、肝心なデータがない。そういう場合は、NCBI(National Center for biotechnology Information)のSRA(Sequence Read Achive)からダウンロードして使用する。 しかし、2021年くらいからNCBIが一部データをon-premisesで管 […]

Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする

日付;2022/08/28(日) 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる(ここ)。まずイ […]