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解析

RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ

日付;2024/05/19(日) 何かの標的分子と疾患との関連を知りたい場合、結局のところ通常のRNA-seqなどを利用する場合が多い。なので、一般的な遺伝子発現解析ツールも準備する必要がある。最近ではRNA-seqもかなり普通になってきたので、以下のライブラリで通常のことは出来るように思う。ちなみに、以下のソフトを使った解析で一貫性のある結果が得られた場合、それは生物学的に有意であり、すぐにでも […]

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付;2024/04/28(日) 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)解析のためのパッケージをインストールした。Pythonのパッケージは比較的(最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要があると思う。)先進的で格好の良い解析方法が多く、かつ、Rよりも計算速度が圧倒的に早いという特徴があり、個人的にはpythonのようが […]

Githubの使い方

日付;2024/04/27(土) 今日、さすがにGithubを使い出した。セットアップが結構勉強になったので、そのときの日記。 Githubの必要性を感じる 最近自分はつくづく医学系の基礎研究者だなぁ(つまり、コンピューター解析の研究者や開発者ではなく)と思う。だからこそ、これまで大規模なコードなんか書かずに、すなわち、Gitを使ってログなんかを取らずに必要性だけでコンピューター解析を行ってきたの […]

シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする

日付;2024/04/28(土) シングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。例えば, velocyte(Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。)やscVeloはRNA velo […]

Seurat v.5をインストールする

日付;2024/04/06(土) 以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5(v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン5をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった(version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。) […]

遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする

日付;2024/03/24(日) 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス(バルク)やシングルセ […]

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]

cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する

日付;2023/02/25(土)、2023/02/28(火)訂正、2024/03/31(日)有料化 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあた […]