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解析

Spectral Flow Cytometerのトレーニングを受けた

日付;2021/05/12(水) 以前、CyTOFを使ってTIL(Tumor Infiltrate Lymphocyte)のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]

VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする

日付;2021/05/10(月) RNA-seq解析用PC(Dell Precision M4800)が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]

ブロッキングに用いるスキムミルクとBSA

日付;2021/04/06(火) 先週に細胞の準備が整い、現在行っている論文を改訂するためのウェスタンブロットが先週の金曜日から始まっている。このウェスタン、どうも結果に差がないように思うのだが、どうなんだろうか。そもそも、二回目のレビューアーからの要求は、すでにそのときの実験で解決してあり、今回は「実はこうしてほしかった。」という感じの要求なので、いくらでも「前回までの要求にはすでに答えている。 […]

腫瘍浸潤リンパ球のエンリッチメント

論文の再々投稿が終わったので、久しぶりに実験が前に進んだ。今日、レビューアーにまた送られたらしい。投稿とか何も知らないResearch Associateが「おめでとう!!」みたいに言ってきたけど、全く喜べず、「今からが大変なんだけどな。」と思ってしまった。 言うても、研究が進んだとはいえ、予備実験なので実質的に研究が進展した訳ではない。マウスに移植したマウス乳がん腫瘍を摘出して、それをシングルセ […]