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解析

cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する

日付;2023/02/25(土)、2023/02/28(火)訂正、2024/03/31(日)有料化 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあた […]

Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール

日付;2023/02/24(金) 日付;2024/03/31(日);有料化 シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル(I1、I2.fastq)とcDNAのリード(R1.fastq、R2.fastq)の4つ(実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。)が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファ […]

monocle3のインストール

日付;2022/10/30(日)、2024/03/31(日)有料化 Single cell RNA sequence(scRNA-seq)の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのm […]

Seuratのインストール

日付;2022/10/29(土)、2024/03/31(日)有料化 single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット(Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1))を使っている関係から、もはやcel […]

Single SampleのGSEAについて(GSEAPreranked)

日付;2022/10/22(土)、2024/03/31(日)有料化、2024/06/08(土)Leading edge analysisについて追記 先日、Single Sample(N=1)のRNA-seqは意味があるのか無駄なのかを書いたが、そうは言っても、いろいろな事情によりそのような解析が必要な場合もある。それに、うまく行けばのサンプルの遺伝子発現プロファイルからそのサンプルがどのような細 […]

SRA Toolkit(sra-tools)のインストールとシークエンスリードのダウンロード

日付;2022/09/19(月)、2022/10/02(日)改定と追記、2024/03/31(日)有料化 ゲノム解析で遊ぼうと思っても、肝心なデータがない。そういう場合は、NCBI(National Center for biotechnology Information)のSRA(Sequence Read Achive)からダウンロードして使用する。 しかし、2021年くらいからNCBIが一部 […]

Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする

日付;2022/08/28(日) 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる(ここ)。まずイ […]

mouse K5にUbuntu20.04.4をインストールする

日付;2022/08/27(土) これはUbuntuを今月(2022年8月)に買ったmouse K5にインストールしたときの記録である。 mouse K5を開けてSSDをインストールする まず、mouse K5を開けて、Macbook Pro 13 inch early 2011のDebian9で使っていたSSDをインストールする。SSDをマウントするための金具を外さなくてはならないのが、微妙にダ […]

WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする

日付;2022/08/22(月) これまでにWindows 11のWindows subsystems for Linux(wsl、バージョン2; wsl2)にUbuntu(20.04)をインストールしたので、 今回はRNA-seqの解析で、特にリードのフィルタリング、リファレンスシークエンス、マッピング、いわゆるプリプロセッシングというヤツに主に使うソフトをインストールしたいと思う。これらは既に […]

Windows 11でWindows Subsystems for Linux(WSL)を使ってUbuntuをインストールする

日付;2022/08/21(日) 今の職場で、32GBの物理メモリを積んだmouse K5というPC、そしてそれにインストールしたWIndows 11を使っている。そしてRNA-seqのデータ解析用には、fastqファイルの処理用にはmacbook pro 13 inch(early 2011)(MBP13)に入ったDebian 9を、その後の高次解析用にはRを使ってきた。しかし、このMBP13は […]