日付；2025/02/11（火） はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去（アダプタートリミング）、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）、clusterProfilerを使ったOverrepresentation […]
日付；2022/07/16（土）Rによるデータ解析（その５） ボックスプロット（箱ひげ図）は、N数が10くらいあり、かつ、そのデータが正規分布していないような、というか、動物実験のデータなんかではとても便利なグラフである。また、エクセルでこのボックスプロットを作成しようとしてもなかなか難しい作図の一つであると思う。N=10くらいのデータでは、データを要約しようと思うと、平均値±標準偏差よりもデータ […]
日付；2022/07/15（土）Rによるデータ解析（その４） 最近では、どうもNatureやCellやScienceだけではなく、他のジャーナルでも棒グラフに個々のデータをいプロットする論文が増えてきた。ジャーナル側からの要求なのか、それともただイキってNature、Cell、Scienceを真似しているだけなのかは知らない。 尚、基礎生物学研究必要なのは平均値と標準偏差であると確信している。そし […]
日付；2022/07/15(土）Rによるデータ解析（その3） Rを使っていて便利だと思うことが、時系列のデータ解析だと思う。リアルタイムでデータの推移を見るという目的にはもしかしたら向いてないかもしれない（自分が知らないだけだと思う。）が、２，３日毎に取得してモニターする様な、例えば腫瘍系や増殖能の評価には非常に優れた方法だと思う。エクセルでは、いちいちグループを手作業でまとめて、よくわからんフォ […]
日付；2022/06/11（土）、2022/10/2（日）訂正 最近、MacはIntel以外のCPUになってしまったし、今仕事で使っているソフトウェアで必要なものは、Image J、Rくらいしかない。場合によってはたまにPythonなんかも使うが、そういうときは大体Linuxを使ってしまう。なので、職場ではWindows11のPCを買ってもらった。そして、最近Rstudioをインストールしたのたが […]
日付；2022/04/25（月）Rによるデータ解析（その２） ここでは、Rを使って、データセットを整形するための方法を述べる。基礎医学・生物学で利用するデータセットはそんなに大きくないし、複雑でもない。もし何かおかしなレコードがあれば、個別に対応することも可能である。したがって、自分はここに述べるような方法で十分に実験データやTCGAの解析ができていた。これでRを使ったデータ整形はだいたいイケるの […]
日付；2022/04/24（日）Rによるデータ解析（その１） Rを使ってデータを解析するとき、必ずデータセットを読み込む必要がある。ここではその方法を述べる。言っておくが、これは基礎医学・生物学研究で基本的に行う解析のみを述べるので、他にもいくらでも方法があるし、必要とあれば別の方法を述べなくてはならない。しかし、それを言っていてはキリがないので、そういうことは述べないことにする。しかし、正直なと […]
日付；2022/04/20 （水） なぜエクセルやGraphPad Prismが今も主流なのか 基礎医学や生物学の研究者は未だマイクロソフトのエクセルを使っている者がほとんどでは無いかと思う。その理由は、これらの分野での主な実験は、ある遺伝子をノックアウトしたり、逆にその遺伝子発現を増やしたり、その結果として起こる生物学的な変化を観察したりして、その分子が関連するメカニズムを解明することであり、極 […]