codocによる記事の有料化について
日付；2024/05/03（金） 実は、先日から解析に関連する記事で一部を有料化している。それについて、ここで説明しようと思う。 codocというサービスで一部の記事を有料にした 先日から、Python、R、その他の手法を載せた記事の一部、特に、個人的に苦労した解析などは有料化することにした。その目的は「収益というモチベーションにより、その記事のクオリティーやサポートを継続し、自他にとってさらに有 […]
シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ
日付；2024/04/28（日） 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）解析のためのパッケージをインストールした。Pythonのパッケージは比較的（最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要があると思う。）先進的で格好の良い解析方法が多く、かつ、Rよりも計算速度が圧倒的に早いという特徴があり、個人的にはpythonのようが […]
Githubの使い方
日付；2024/04/27（土） 今日、さすがにGithubを使い出した。セットアップが結構勉強になったので、そのときの日記。 Githubの必要性を感じる 最近自分はつくづく医学系の基礎研究者だなぁ（つまり、コンピューター解析の研究者や開発者ではなく）と思う。だからこそ、これまで大規模なコードなんか書かずに、すなわち、Gitを使ってログなんかを取らずに必要性だけでコンピューター解析を行ってきたの […]
シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする
日付；2024/04/28（土） シングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。例えば, velocyte（Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。）やscVeloはRNA velo […]
Seurat v.5をインストールする
日付；2024/04/06（土） 以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5（v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン５をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった（version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。） […]
遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする
日付；2024/03/24（日） 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス（バルク）やシングルセ […]
Early Warning Journal Listに選ばれている怪しい論文誌
日付；2024/03/20（水） Natureで気になる記事を読んだ Chinese Academy of Scienceの図書館が、Predatory Journal（ハゲタカジャーナル）や中国の科学研究コミュニティーにとって有益ではないとされる論文誌（ジャーナル）のリストを公開した、という記事をNatureの記事（https://www.nature.com/articles/d41586-0 […]
創薬ベンチャーに就職して1か月が経った
日付；2024/2/4（日） 昨年12月で前職場を辞職して、2024年に1月からとある創薬ベンチャー、とは言え、立ち上げて既に数年が経過しているようだが、そこに就職した。そしてこの2月で1か月が経過した。最近になりようやく落ち着いてきたので、その感想と、近い将来にどんな状況になっているのだろうかと、色々と記しておこうと思う。 良いところ 日本のアカデミックの研究姿勢や運営方法に全く同意できなくなり […]
アカデミックから創薬ベンチャーに移った理由
日付；2024/2/4（日） 新しい職場に来て一ヶ月経ち、ようやく落ち着いて来たので、現職と比べて前職に対して思うことや現職に移ろうとした理由なんかを、振り返ってみようと思う。冷静に考えると、やっぱり前職は良くなかったと思う。アメリカから帰ってきて一発目の職場だったけど、アメリカに居る時の不安がそのまま現実になった感じもする。ある意味では良い経験になったと思う。言うても、この経験を役立たせることも […]
シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成はやっぱり地獄
日付；2023/12/26（火）、訂正と追加；2024/01/04（木） 以前、シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成は体力的にも精神的にもとても堪えるという記事を書いたが、今回もそれを再確認したということを無駄に記録しておこうと思う。実験終了日の次の日、充電が切れたみたいに何も出来なくなった。あのまま働いてたら絶対に風邪ひいていたと思う。因みに、今回のこの記事は完全に愚痴なので、嫌な気分 […]