科研費が採択された

日付;2023/03/04(土) 2023年2月28日(火)の夕方4時頃に、令和5年度の科研費に採択された旨のメールが、研究所の外部資金の担当部署から届く。分類は科研費基盤Cで、今年を含めて3年間の研究期間になる。過去約5年間は留学していたし、その前の約1年半はゴミのようなラボ(人間的にはOK。仕事的にはNG)に所属してしまって、申請書を書いている段階で採択は無理だとわかるくらい酷いものだったので […]

cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法

シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]

cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する

日付;2023/02/25(土)、2023/02/28(火)訂正、2024/03/31(日)有料化 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあた […]

Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール

日付;2023/02/24(金) 日付;2024/03/31(日);有料化 シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル(I1、I2.fastq)とcDNAのリード(R1.fastq、R2.fastq)の4つ(実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。)が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファ […]

シングルセルRNAシークエンスの外注で日本の科学技術の衰退が半端ではないことを思い知る

日付;2023/02/04(土)追記;2023/02/19(土) 2週間くらい前にシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)のライブラリ調整を行い、次はサンプルのシークエンスを行わなくてはならない。研究所にシークエンサーは無いので、これを外注する必要がある。基本的には多くの施設で外注だろうと思う。たとえ大学内にシークエンサーを持っている部署があったとしても、なんやかやで外注みたいな形にな […]

シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である

日付;2023/01/19 (木) 先日にシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]

数年後は固定サンプルを使ったsingle cell RNA sequenceが主流になると思う

日付;2022/12/29(木) 12月の半ばに10xGenomicsのユーザーグループミーティングという、ちょっとしたセミナーに参加してきた。そこでは10xGenomicsのsingle cell RNA seqeuence(scRNA-seq)のライブラリ調整キットを使った研究の紹介を通して、どんな分野に応用しているのか、ということが発表されていた。 発表された研究内容としては正直普通であって […]

monocle3のインストール

日付;2022/10/30(日)、2024/03/31(日)有料化 Single cell RNA sequence(scRNA-seq)の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのm […]