Rによるデータ解析（その５）ggplot2によるボックスプロット・箱ひげ図
日付；2022/07/16（土）Rによるデータ解析（その５） ボックスプロット（箱ひげ図）は、N数が10くらいあり、かつ、そのデータが正規分布していないような、というか、動物実験のデータなんかではとても便利なグラフである。また、エクセルでこのボックスプロットを作成しようとしてもなかなか難しい作図の一つであると思う。N=10くらいのデータでは、データを要約しようと思うと、平均値±標準偏差よりもデータ […]
Rによるデータ解析（その４）ggplot2による棒グラフの作成方法
日付；2022/07/15（土）Rによるデータ解析（その４） 最近では、どうもNatureやCellやScienceだけではなく、他のジャーナルでも棒グラフに個々のデータをいプロットする論文が増えてきた。ジャーナル側からの要求なのか、それともただイキってNature、Cell、Scienceを真似しているだけなのかは知らない。 尚、基礎生物学研究必要なのは平均値と標準偏差であると確信している。そし […]
Rによるデータ解析（その３）ggplot2による折れ線グラフの作成方法
日付；2022/07/15(土）Rによるデータ解析（その3） Rを使っていて便利だと思うことが、時系列のデータ解析だと思う。リアルタイムでデータの推移を見るという目的にはもしかしたら向いてないかもしれない（自分が知らないだけだと思う。）が、２，３日毎に取得してモニターする様な、例えば腫瘍系や増殖能の評価には非常に優れた方法だと思う。エクセルでは、いちいちグループを手作業でまとめて、よくわからんフォ […]
Windows11にRをインストールしたときに出る環境変数のWarningを直す
日付；2022/06/11（土）、2022/10/2（日）訂正 最近、MacはIntel以外のCPUになってしまったし、今仕事で使っているソフトウェアで必要なものは、Image J、Rくらいしかない。場合によってはたまにPythonなんかも使うが、そういうときは大体Linuxを使ってしまう。なので、職場ではWindows11のPCを買ってもらった。そして、最近Rstudioをインストールしたのたが […]
どのような発表でも研究のゴールと解析の目的をはっきり言わなければならない
日付；2022/05/31（火） この日、職場でミーティングに参加した。この日の２週間前に、Zoomによるミーティングに参加したが、この職場で開催される対面式のミーティングは、コロナウイルスでオンラインのミーティングになって以来、初めてらしい。その時に率直に思ったことを記しておこうと思う。はっきり言って、ここに書いてあることは何の役にも立たないような気がする。しかし、この日に思ったことと、ここでの […]
修士でアメリカの大学や研究機関に応募・就職する方法
日付；2022/05/29（日） 仕事から電車で帰宅する途中にふと思ったことがある。それは、単にアメリカに活動拠点を置きたいのであれば、修士を取ったタイミングでアメリカに留学出来るということだ。考えてみれば、アメリカの大きな大学で技術員やResearch Associate（RA; 研究助手）として働いている者は多くが修士だし、実際に自分もアメリカでポスドクをやっているときに3人ほどRAと一緒に働 […]
フローサイトメーターのコンペンセションについて
日付；2022/05/21（土） 今週、所属した研究室で少しずつ実験を見せてもらっていたが、そこで将来的に嫌な予感のすることに遭遇した。それはフローサイトメーターのコンペンセイション（Compensation）の方法が手動だったことである。個人的には手動によるCompensationは、出来ればやめたほうが良いと思っている。ここではその理由を述べようと思う。研究室によって異なると思うが、それでもや […]
新しい研究所での新人研修がやっと終わった
日付；2022/05/20（金） ２０２２年５月９日（月）から某研究所での活動がスタートした。そして５月２０日（金）、やっと新人研修が終了したので、その２週間くらいの間に何が起こったのか、何を考えたのかを記録しようと思う。きっと、よくわからないが、何かの役に立つだろうと思う。 オフィス（居室）での私語は禁止されているらしい。 ここは研究所である。正確に言えば、例えば、国立研究開発法人とか、そういっ […]
個人的に投稿したくないジャーナルについて
日付；2022/04/28（木） ２０２２年５月から日本での研究のキャリアを再開する。２０２２年４月末の時点ではいまいち予測できないが、おそらくこの施設では自分で研究助成金を獲得し、自分の研究は自分の責任でマネージメントすることになるだろうと思う。当然だが、得られた研究結果は、いずれ何らかのジャーナルに投稿することになるだろう。そのときのために、自分の経験から得られた個人的に絶対投稿したくないジャ […]
Rによるデータ解析（その２）列の選択・削除・列を分ける・結合・名前の変更・重複した行の削除・列を新しく作る。
日付；2022/04/25（月） ここでは、Rを使って、データセットを整形するための方法を述べる。基礎医学・生物学で利用するデータセットはそんなに大きくないし、複雑でもない。もし何かおかしなレコードがあれば、個別に対応することも可能である。したがって、自分はここに述べるような方法で十分に実験データやTCGAの解析ができていた。これでRを使ったデータ整形はだいたいイケるのではないかと思っている。自分 […]