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• 2025年12月14日
• 2025年12月30日

TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関係を解析する（TCGA, v.41, 2024）（正常組織のバイオリンプロットなし、GDC portalからのデータのダウンロード方法なし ）

2025/12/14（日）；初稿 2025/12/29（月）；訂正；カプランマイヤー法による生存率の解析；教科書（生存期間解析、ISBN978-4-254-12861-1）に従って、打ち切りの設定を確認し、生存曲線（カプランマイヤー推定値）の横軸を1825日（5年）に限定した。 はじめに 以前、TCGA（The Cancer Genome Atlas）に登録されたデータをダウンロードしたが、ここで […]

• 2024年6月23日
• 2025年10月19日

RによるssGSEA（single sample Gene Set Enrichment Analysis）とその方法

日付；2024/06/23（日）、2025/04/03（木）ssGSEA2に使用するGCTファイルについて追記 はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA（ssGSEA）する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad in […]

• 2024年4月28日
• 2025年3月25日

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付；2024/04/28（日） 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）解析のためのパッケージをインストールした。その記事はここに記したので、PythonでシングルセルRNAシークエンスのデータを解析したい方は、それを参考にしていただきたい。Pythonのパッケージは比較的（最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要がある […]