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  • 2024年6月23日
  • 2025年3月25日

RによるssGSEA(single sample Gene Set Enrichment Analysis)とその方法

日付;2024/06/23(日) はじめに これまでにBroad instituteのGSEAによりGSEAを行う方法をそれぞれ複数サンプルからなる2群間比較の場合と1群のみの場合について書いたが、ここではRを使ってsingle sample GSEA(ssGSEA)する方法を述べる。ちなみに、以前書いたBroad instituteのGSEA Prerankedを使った解析はN数を1とか2しか採 […]

  • 2024年4月28日
  • 2025年3月25日

シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ

日付;2024/04/28(日) 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)解析のためのパッケージをインストールした。その記事はここに記したので、PythonでシングルセルRNAシークエンスのデータを解析したい方は、それを参考にしていただきたい。Pythonのパッケージは比較的(最近ではもう随分と安定してきたように思う。だから「比較的」という言葉を使う必要がある […]