monocle3のインストール
日付；2022/10/30（日） Single cell RNA sequence（scRNA-seq）の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのmonocle3のほうが扱い易いので […]
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2022年10月
Seuratのインストール
日付；2022/10/29（土） single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット（Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1)）を使っている関係から、もはやcellrangerは必須である。高次解 […]
Single SampleのGSEAについて（GSEAPreranked）
日付；2022/10/22（土） 先日、Single Sample（N=1）のRNA-seqは意味があるのか無駄なのかを書いたが、そうは言っても、いろいろな事情によりそのような解析が必要な場合もある。それに、うまく行けばのサンプルの遺伝子発現プロファイルからそのサンプルがどのような細胞や組織に属する推測できるかもしれない。「最終的にお蔵入りになるから無駄だ」とか言っている自分も、結局のところその解 […]
Single sampleのRNA-seqに意味はあるのか
日付；2022/10/16（日）追記；2022/10/22（土） ここ２週間、N=1かつ多群のbulk RNA-seq（以降は単にRNA-seqと示す）の解析を行ってきた。その解析でRNA-seqについて考えたことを記しておこうと思う。以前のポストでも似たようなことを書いており、ある意味「これは問題だな」ということを改めて理解できた 率直な結論 それは、Single Sample（N=1）のRNA […]