Seuratのインストール

日付;2022/10/29(土)、2024/03/31(日)有料化

single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット(Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1))を使っている関係から、もはやcellrangerは必須である。高次解析にはSeurat(スーラというらしい。)やmonocle3を使用する必要が、どうやらありそうだ。

今回はその一つ、Seuratのインストールについて記録しておく。その理由は、Windows 11にインストールするのは簡単だったのに、Ubuntu 20.04にインストールするのがすごく大変だったからだ。

Seuratのホームページ(https://satijalab.org/seurat/)には以下のようにインストールすれば良いと欠いてある。

ほう。楽勝っぽい。

結論としてこれだけでは全くインストールできない。コイツら、何言ってんだろうか。いや、自分らも気づいてるだろ。直せや!!ちゃんとマニュアル作れや!!!以下の画像がエラーメッセージである。

多すぎるわ!!依存関係のチェックはどうしたよ。

文句ばかりも言っていられないので、ダラダラとインストールして行くことにする。以下が、自分が良くやる裏技である。というか、裏技か??少なくともメジャーな方法ではないはず。

以下にコツややったことを述べていく。

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