2026/07/04（土）；初稿
はじめに
先月、CPTACの解析が一通り終わって、次はシングルセルRNAシークエンスをやっていたときだった。ScanpyやscVeloなどの解析を終えて、細胞のタイピングを終え、ヘルパーT細胞と細胞障害性T細胞を更に詳細に分類しようとして、pseudobulkingの後にRでGSEAしようとしたときにそれは起こってしまった。h5adをRで読み込もうとしていると、どうもうまく行かない。それをやっているときにRのreticulateというパッケージを入れたことにり、Rの解析環境が圧倒的に不安定になり、じゃあ、R 4.5.0にアップグレードして、AnndataRも試そうかってときに本当に馬鹿なことをやってしまった。以下のコードを流してしまった….
# 絶対ながしたらアカンやつ
sudo apt remove "^r-"本当は以下にするはずだったのに…
# これでRをアンインストールできる。これはシステムをぶっ壊さない。
sudo apt remove "^r-base"もちろん、こんなコードを流してしまった日には、破滅決定である。これに気がついたのは、エンターキーをターンと押した後、Bluetoothのドライバー群が削除されだしたときだった。本当に「え？？いやいやいやいや、それはないわ。んなわけないわ。え？これ…え！？いや！！え！！！えぇぇぇぇ….」って言ったと思う。これを流した後でも、システム自体は読み込まれているので動いているのがまた最悪で、シャットダウンしたらもうGUIは動かない。最終的にターミナルも、Nautilus（ファイルマネージャー）も消え、ただただUbuntu22.04LTS のクラゲが紫のデスクトップの中に浮いているだけの状態になってしまう。もう絶望だったわ。不幸中の幸いとしては、このコンピューターは仕事に使っているわけではないことである。もし仕事に使っていたら、本当にヤバかった….
システムは完全にぶっ壊れたが、データはそのままなので、すぐにバックアップを取っておいた。
ちなみに、自分は2023年の初夏に、仕事の解析用コンピューターの起動ディスクを間違ってフォーマットしてしまい、自分でファクトリーリセットをしたことがある。これよりは、まぁ、気が楽だったわ。一旦絶望はしたが、今回は「しゃあないから、新しいUbuntuでも入れてみるか…」くらいに回復するのは比較的早かった。
Ubuntu 26.04LTS
ということで、新しくUbuntuLT26.04LTS を入れてみる。大きな改善としては、確かRustに置き換えられだしていることと、個人的にはCore i9とかの非対称コアに対応しだしたこと（これは24.04LTSかららしい）である。Rustを使い始めたあたりちょっと怖いけど、あと5年したら絶対このシステムになっていくわけだし、これが良い移行の機会である。
毎回思うが、バージョンを重ねるに連れてセットアップがすごく楽になっている気がする。このコンピューターにUbuntu 22.04LTSを入れたときには、自分でグラフィックボードのドライバーを何とかしないといけなかったが、それが無くなり、そしてWifiやBluetoothのドライバも特に何もしないでも入っており、ちゃんと動くようになっている。あのときの苦労はどこに言ったのだろうか…とか思うようになってしまった。それに、cmakeとかも簡単にインストール出来るし、これがまともに動くのであれば、どんどん解析だけに集中できるようなOSになってきていると感じる。
しかし、まだ不安なこともある。特にシングルセルRNAシークエンスのPythonパッケージで思うことだが、これらの発展が、OS周りの発展についていっておらず、多少古いバージョンのパッケージになりつつあるように感じる。こういうのってOSやAnacondaとかで動いているPython（ScipyとかNumpyなど）と、シングルセルRNAシークエンスで動くこれらのバージョンとに不一致に繋がってくる。OSとかベースのシステムは新しいのに、解析環境は２、３年まえのバージョンを使っているということになる。なんか、不安が拭いきれないって感じである。言うてもダークモードとか、なかなか見やすいし、逆に新しくしてよかったかな、と思うようにしている。
これから解析環境を整えるが、まぁ、地獄だわ。
