日付；2021/05/28（金） 現在投稿中の論文の改定が大詰めで、図を仕上げているところである。仕上げているとか、すこし変な感じがする。本当ならば、投稿時にパブリケーションのクオリティーであるべきだと思うのだが、そこは共同研究での論文だけあって、共同研究者の都合もある。残っている部分は全部共同研究者の担当の部分である。これについては無事にアクセプトまで漕ぎ着けた場合に良し悪しの部分を書こうと思う […]
日付；2021/05/12（水） 以前、CyTOFを使ってTIL（Tumor Infiltrate Lymphocyte）のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]
日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]
日付；2021/05/05（水） RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]
日付；2021/05/02（日） Dell Precision M4800がぶっ壊れた（より正しくいえば、たまにしか起動しない）ので、予備としてVirtualBoxにそれをカバーするシステムを入れようと思う。今回は、必要と思われるソフトをインストールしていく。 1.sources.listの編集 sugedit /etc/apt/sources.list で、CD-ROMへの参照を削除 apt-g […]
日付；2021/05/02（日） RNA-seq解析用の Dell Precision M4800が瀕死である。今後のRNA-seq解析に備えて、VirtualBoxにM4800をカバーできるまでの環境を立ち上げようと思う。 1. VirtualBoxのインストール まず、VirtualBoxをダウンロードし、インストールする。 2. Debian 9をインストール 次に、Debian 9をVir […]
日付；2021/05/01（土） 最近、ボスが助成金獲得に尽力しているようだが、これに自分の解析したRNA-seqの結果を出すと言っている。随分前の話になってしまうが、そのために色々とグラフを作ってきた。しかし、このボス、どうも自分の解析を信用していないようだ。この理由の一つはおそらく、自分はバイオインフォマティシャンではないため、もう一つは、ボス自身がほとんどコンピューター解析（バイオインフォマ […]
2021/04/21（水） この日、もう勘弁してほしいと思わせてくれることが起きた。 タイトル通り、現ボスが電子天秤をぶっ壊した。これで薬剤の量とかを測っていたので、マジで面倒くさい。特に現所属のラボは、動物実験に使う試薬を、使う分だけその直前に測定してバイアルから採ってから使用する、ということをやっている。この時点で、あれっと思うが。なので、電子天秤が壊れることは結構なダメージである。それに加え […]
日付；2021/04/06（火） 先週に細胞の準備が整い、現在行っている論文を改訂するためのウェスタンブロットが先週の金曜日から始まっている。このウェスタン、どうも結果に差がないように思うのだが、どうなんだろうか。そもそも、二回目のレビューアーからの要求は、すでにそのときの実験で解決してあり、今回は「実はこうしてほしかった。」という感じの要求なので、いくらでも「前回までの要求にはすでに答えている。 […]
日付；2021/03/31（水） 現在、おそらく最後になるはずの論文原稿の改定を行っているところである（もしかしたら、この改定のあとにリジェクトなんてこともあり得るのでなんとも言えない）。レビューアーとエディターからのリクエストのうち、主に論文の図に関係してくる以下の２つについて作業を行っている。これ以外、ほとんどなにもやっていない。 あと、これは特にエディターからのリクエストには載っていなかった […]
