Single sampleのRNA-seqに意味はあるのか
日付；2022/10/16（日）追記；2022/10/22（土） ここ２週間、N=1かつ多群のbulk RNA-seq（以降は単にRNA-seqと示す）の解析を行ってきた。その解析でRNA-seqについて考えたことを記しておこうと思う。以前のポストでも似たようなことを書いており、ある意味「これは問題だな」ということを改めて理解できた 率直な結論 それは、Single Sample（N=1）のRNA […]
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Kats
SRA Toolkit（sra-tools）のインストールとシークエンスリードのダウンロード
日付；2022/09/19（月）、2022/10/02（日）改定と追記、2024/03/31（日）有料化 ゲノム解析で遊ぼうと思っても、肝心なデータがない。そういう場合は、NCBI（National Center for biotechnology Information）のSRA（Sequence Read Achive）からダウンロードして使用する。 しかし、２０２１年くらいからNCBIが一部 […]
Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする
日付；2022/08/28（日） 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる（ここ）。まずイ […]
mouse K5にUbuntu20.04.4をインストールする
日付；2022/08/27（土） これはUbuntuを今月（２０２２年８月）に買ったmouse K5にインストールしたときの記録である。 mouse K5を開けてSSDをインストールする まず、mouse K5を開けて、Macbook Pro 13 inch early 2011のDebian9で使っていたSSDをインストールする。SSDをマウントするための金具を外さなくてはならないのが、微妙にダ […]
WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする
日付；2022/08/22（月） これまでにWindows 11のWindows subsystems for Linux（wsl、バージョン2; wsl2）にUbuntu（20.04）をインストールしたので、 今回はRNA-seqの解析で、特にリードのフィルタリング、リファレンスシークエンス、マッピング、いわゆるプリプロセッシングというヤツに主に使うソフトをインストールしたいと思う。これらは既に […]
Windows 11でWindows Subsystems for Linux（WSL）を使ってUbuntuをインストールする
日付；2022/08/21（日） 今の職場で、32GBの物理メモリを積んだmouse K5というPC、そしてそれにインストールしたWIndows 11を使っている。そしてRNA-seqのデータ解析用には、fastqファイルの処理用にはmacbook pro 13 inch(early 2011)（MBP13）に入ったDebian 9を、その後の高次解析用にはRを使ってきた。しかし、このMBP13は […]
macbook pro (13inch, early 2011)でのRNA-seqが遅すぎて限界なのでmouse K5を購入した
日付；2022/08/20（土） macbook pro (13inch, early 2011)が限界 以下の画像は、今の職場でちょっとした好奇心で行っているRNA-seqの解析の一部であるSTARによるリファレンスシークエンスへのマッピングの結果である。 今年はまだ現職について3か月くらいしか経っていないので、科研費申請を行えるだけの基礎データが、はっきり言って皆無である。それに、その職場がコ […]
ggplot2によるボックスプロット・箱ひげ図
日付；2022/07/16（土）Rによるデータ解析（その５） ボックスプロット（箱ひげ図）は、N数が10くらいあり、かつ、そのデータが正規分布していないような、というか、動物実験のデータなんかではとても便利なグラフである。また、エクセルでこのボックスプロットを作成しようとしてもなかなか難しい作図の一つであると思う。N=10くらいのデータでは、データを要約しようと思うと、平均値±標準偏差よりもデータ […]
ggplot2による棒グラフの作成方法
日付；2022/07/15（土）Rによるデータ解析（その４） 最近では、どうもNatureやCellやScienceだけではなく、他のジャーナルでも棒グラフに個々のデータをいプロットする論文が増えてきた。ジャーナル側からの要求なのか、それともただイキってNature、Cell、Scienceを真似しているだけなのかは知らない。 尚、基礎生物学研究必要なのは平均値と標準偏差であると確信している。そし […]
ggplot2による折れ線グラフの作成方法
日付；2022/07/15(土）Rによるデータ解析（その3） Rを使っていて便利だと思うことが、時系列のデータ解析だと思う。リアルタイムでデータの推移を見るという目的にはもしかしたら向いてないかもしれない（自分が知らないだけだと思う。）が、２，３日毎に取得してモニターする様な、例えば腫瘍系や増殖能の評価には非常に優れた方法だと思う。エクセルでは、いちいちグループを手作業でまとめて、よくわからんフォ […]