- 2024年4月27日
- 2025年3月25日
Githubの使い方
日付；2024/04/27（土） 今日、さすがにGithubを使い出した。セットアップが結構勉強になったので、そのときの日記。 Githubの必要性を感じる 最近自分はつくづく医学系の基礎研究者だなぁ（つまり、コンピューター解析の研究者や開発者ではなく）と思う。だからこそ、これまで大規模なコードなんか書かずに、すなわち、Gitを使ってログなんかを取らずに必要性だけでコンピューター解析を行ってきたの […]
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解析
- 2024年4月27日
- 2025年3月25日
シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする
日付；2024/04/28（土） シングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。velocyte（Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。）やscVeloはRNA velocity解 […]
- 2024年4月6日
- 2025年3月25日
Seurat v.5をインストールする
日付；2024/04/06（土） 以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5（v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン５をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった（version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。） […]
- 2024年3月31日
- 2024年4月7日
遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする
日付；2024/03/24（日） 今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス（バルク）やシングルセ […]
- 2023年5月25日
- 2025年3月25日
How to install STREAM for trajectory inference in single cell RNA sequence analysis
Data; 2023/05/25(Thu) Recently I have used scanpy for analyzing single cell RNA sequence (scRNA-seq). I feel staistical analysis on scanpy is less useful than Seurat, but scanpy has really nice compat […]
- 2023年5月13日
- 2023年5月27日
How to fix grey color at markdwon and output area of Vidual Studio Code
Date; 2023/05/13 Recently, I have basically used scanpy for analysis of single cell RNA sequence because I need to use scVelo for RNA velocity analysis. Reason why I chose scanpy rather than Serurat i […]
- 2023年2月19日
- 2025年3月25日
cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法
シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]
- 2023年2月19日
- 2025年3月25日
cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する
日付；2023/02/25（土）、2023/02/28（火）訂正、2024/03/31（日）有料化 一般的に、シングルセルRNAシークエンスの実験は、特に10xGenomicsのライブラリ調整キットを使用している場合、Chromium controllerを用いたエマルジョン作成に始まり、その後のライブラリ調整、最後にシークエンスを外注して、最終的に、Dual Indexを付けた場合はサンプルあた […]
- 2023年2月19日
- 2025年3月25日
Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール
日付；2023/02/24（金） 日付；2024/03/31（日）；有料化 シングルセルRNAシークエンスでは、一般的にはシークエンスの結果は使用したライブラリ調整キットに応じたインデックスファイル（I1、I2.fastq）とcDNAのリード（R1.fastq、R2.fastq）の４つ（実際はこれらのファイル名にレーンやサンプルの情報が入っているはず。）が、サンプルあたり返ってくる。それらをリファ […]
- 2022年10月30日
- 2025年3月25日
monocle3のインストール
日付；2022/10/30（日）、2024/03/31（日）有料化 Single cell RNA sequence（scRNA-seq）の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのm […]