日付；2024/04/06（土）
以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5（v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン５をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった（version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。）ことと、複数のファイルをインテグレーションするのが早くなった（自信なし。）ことのように見える。ウェブサイトはここにある。version 4に比べて、随分とインストールが楽になっていた。ここでは、Seurat, version 5をインストールしたときの手順を記録しておこうと思う。
事前にインストール方が良いライブラリ
経験上、インストールしておいたほうが良いライブラリは、devtoolsである。これはinstall_github()を使うために必要である。また、BiocManager()も、可能ならばインストールしても良いかもしれない。あと、seuratのインストール中に吐き出されるログを眺めていて思ったのだが、おそらくC言語のライブラリも必要な気がする。もともと入っているg++とか、それらに加えてcmakeなんかもインストールしておく必要がありそうだった。cmakeのインストールはここに記した。
install.packages("devtools")Seurat, v.5 (v. 5.0.2)
では、早速。
install.packages("Seurat") # there is no error!
なんとエラーが出ず、一発でインストールが完了してしまった。解析人口が増えてきたため、ソフトウェアの動作も安定してきたのだろうか….色々使ってみて思うのが、結局、seuratは、クラスタリングしたときの各グループ同士の乖離が一番良いし、統計解析も割合しっかりしているので、一番良いからね。
他のライブラリ
インストール手順が書いてあるウェブサイトでは、以下のソフトもインストールしたらいいよって書いてある。なので、それらもインストールしてみることにする。BPCells・presto・glmGamPoi・Signac・seurat-data・seurat-wrappers・azimuthのうち、知っている限りでは、SingacとAzimuth以外はSeuratで使用されるので、ここでインストールしなくても、結局どこかの時点でインストールすることになる。SignacはシングルセルATACシークエンスのデータを解析するためのライブラリで、Azimuthは細胞のタイピングに利用できるライブラリである。自分は、このAzimuth のインストールが出来なかった経験があり、ここで改めてやってみようって感じである。
