CellPhoneDB

• 2026年9月19日
• 2026年9月28日

PythonとRによるシングルセルRNAシークエンスの解析（DEG解析なし）

2026/09/19（日）；初稿 はじめに 最近はシングルセルRNAシークエンスも一般的な解析技術になってきた。それ単発の解析では、もうFigureを一つしか作れないような状態であり、空間トランスクリプトームや他のモダリティー（技術や手法）と合わせて、マルチオミクスという形で着目する現象を解明していく、というストラテジーが必要と言える。逆に言えば、シングルセルRNAシークエンスの解析は、もはやスタ […]

• 2024年4月27日
• 2026年6月1日

シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする

日付；2024/04/28（土） シングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。velocyte（Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。）やscVeloはRNA velocity解 […]