CPTAC

• 2026年5月15日
• 2026年5月20日

中央値による正規化と対数変換

はじめに 遺伝子発現プロファイルでも、タンパク質発現プロファイルでもそうだが、解析していると正規化（Normalization）という操作が必要になる。遺伝子発現解析をしているとそこまで問題になることはないし（いや、実際は大問題で、正規化に関する論文は沢山ある。問題無いと書いたが、それは対照群と比較群が同じようにデータ取得されていて、かつ、それらの論文で示される正規化方法が使える場合はとやかく考え […]

• 2026年5月11日
• 2026年5月11日

CPTACのデータとRを使ってがんや腫瘍のタンパク質発現量と患者の生存率の関係を解析する（CPTAC, v.4.4, 2024） 

2026/05/11（月）；初稿 はじめに これまでTCGA（The Cancer Genome Atlas）に登録された各種がんの遺伝子発現プロファイルと、その患者の生存率（生存期間）を解析してきた。この記事ではCPTAC（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）に登録されたデータを使ってがんや腫瘍のタンパク質発現プロファイルとその疾患の臨床情報 […]

• 2024年10月27日
• 2026年1月6日

pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする（CPTAC, V4.4, 2024）

2024/10/27（日）；初稿2026/01/06（火）；データのバージョン追記、タイトルを変更、サムネイル変更 はじめに 最近では、ナノポアシークエンサーでアミノ酸配列まで読めるようになってきた。これはつまり、プロテオームもハイスループットで読める時代がもうそこまで来てるってことである。現時点ではマルチプレックスのプロテオームはRNAシークエンスの価格の１０倍くらいするので、なかなか手を出せる […]