TAG

RNA-seq

Single sampleのRNA-seqに意味はあるのか

日付;2022/10/16(日)追記;2022/10/22(土) ここ2週間、N=1かつ多群のbulk RNA-seq(以降は単にRNA-seqと示す)の解析を行ってきた。その解析でRNA-seqについて考えたことを記しておこうと思う。以前のポストでも似たようなことを書いており、ある意味「これは問題だな」ということを改めて理解できた 率直な結論 それは、Single Sample(N=1)のRNA […]

Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする

日付;2022/08/28(日) 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる(ここ)。まずイ […]

RNA-seqやマイクロアレイの成否

日付;2021/05/05(水) RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]