2025/02/11（火）；codocプラグインが正常に動作していなかったためcodocの部分を削除。それに伴ってコードのダウンロードを停止。 はじめに 先日、RNA-seqの解析でのFASTQのQC、アダプター除去（アダプタートリミング）、ゲノムへのマッピングの方法を記した。ここでは、それに引き続く解析であるedgeRによる遺伝子発現解析の方法、GSEAを使ったGSEA（Gene Set Enr […]
日付；2022/10/16（日）追記；2022/10/22（土） ここ２週間、N=1かつ多群のbulk RNA-seq（以降は単にRNA-seqと示す）の解析を行ってきた。その解析でRNA-seqについて考えたことを記しておこうと思う。以前のポストでも似たようなことを書いており、ある意味「これは問題だな」ということを改めて理解できた。 率直な結論 それは、Single Sample（N=1）のRN […]
日付；2022/08/28（日） 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる（ここ）。まずイ […]
日付；2021/05/05（水） はじめに RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分 […]
