シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする
日付；2024/04/28（土） シングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）を解析するためには、RかPythonを使うのが一般的である。最近では先進的な解析手法はPythonで実装されることが多いように思う。例えば, velocyte（Rもあるようだが、以前試したときにインストール出来なかった。そもそもpythonで使う予定だったので、深追いしていない。）やscVeloはRNA velo […]
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scRNA-seq
How to install STREAM for trajectory inference in single cell RNA sequence analysis
Data; 2023/05/25(Thu) Recently I have used scanpy for analyzing single cell RNA sequence (scRNA-seq). I feel staistical analysis on scanpy is less useful than Seurat, but scanpy has really nice compat […]
cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法
シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、 […]
シングルセルRNAシークエンスの外注で日本の科学技術の衰退が半端ではないことを思い知る
日付；2023/02/04（土）追記；2023/02/19（土） ２週間くらい前にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ調整を行い、次はサンプルのシークエンスを行わなくてはならない。研究所にシークエンサーは無いので、これを外注する必要がある。基本的には多くの施設で外注だろうと思う。たとえ大学内にシークエンサーを持っている部署があったとしても、なんやかやで外注みたいな形にな […]
シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である
日付；2023/01/19 （木） 先日にシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）のライブラリ作成を行った。自分にとってのこの作業はこの研究所に来てから2回目であるが、なんとなく慣れてきた状態である。これは習得という意味では良いかもしれないが、中ダルミという意味ではなにかをやらかしそうな雰囲気がして怖くて仕方ない。ここでは、現時点におけるscRNA-seqのライブラリ調整の辛さを、個人 […]
数年後は固定サンプルを使ったsingle cell RNA sequenceが主流になると思う
日付；2022/12/29（木） 12月の半ばに10xGenomicsのユーザーグループミーティングという、ちょっとしたセミナーに参加してきた。そこでは10xGenomicsのsingle cell RNA seqeuence（scRNA-seq）のライブラリ調整キットを使った研究の紹介を通して、どんな分野に応用しているのか、ということが発表されていた。 発表された研究内容としては正直普通であって […]
monocle3のインストール
日付；2022/10/30（日）、2024/03/31（日）有料化 Single cell RNA sequence（scRNA-seq）の解析を行うための代表的なソフトの一つにmonocle3がある。最も王道のツールとしてSeurat、その次にこのmonocle3が挙げられるような感じがする。実は、Seuratもmonocle3も、マニュアルに目を通した程度しか知らないのだが、印象としてはこのm […]
Seuratのインストール
日付；2022/10/29（土）、2024/03/31（日）有料化 single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット（Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1)）を使っている関係から、もはやcel […]
macbook pro (13inch, early 2011)でのRNA-seqが遅すぎて限界なのでmouse K5を購入した
日付；2022/08/20（土） macbook pro (13inch, early 2011)が限界 以下の画像は、今の職場でちょっとした好奇心で行っているRNA-seqの解析の一部であるSTARによるリファレンスシークエンスへのマッピングの結果である。 今年はまだ現職について3か月くらいしか経っていないので、科研費申請を行えるだけの基礎データが、はっきり言って皆無である。それに、その職場がコ […]