TCGA

• 2025年12月14日
• 2025年12月14日

TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関係を解析する（TCGA, v.41, 2024）（正常組織のバイオリンプロットなし、GDC portalからのデータのダウンロード方法なし ）

2025/12/14（日）；初稿 はじめに 以前、TCGA（The Cancer Genome Atlas）に登録されたデータをダウンロードしたが、ここではTCGAのデータを使って各疾患毎の患者の生存率をカプランマイヤー法により解析する方法を述べる。これらはがんや腫瘍の遺伝子発現や遺伝子変異とそれに紐づく患者の情報であり、他の解析（基礎実験など）で疾患に関連しそうな遺伝子やタンパク質が見つかった場 […]

• 2024年10月27日
• 2025年3月25日

gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする

日付；2024/10/26（土） はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Controlled data；オープンアクセスではないデータ）もあ […]