基礎医学生物学研究者のブログ

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  • 2025年12月14日
  • 2026年1月12日

TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関係を解析する（TCGA, v.43, 2025）

2026/01/03（土）；初稿2026/01/12（月）；追記；AnndataではなくSummerizeExperimentやMultipleAssayExperimentが使えると思う。 はじめに 以前、TCGAのデータを使って、がんや腫瘍における遺伝子発現量（RNA-seqのカウント値）と患者の生存率の関係をRで解析したが、そのときは対応する正常組織（おそらくがんや腫瘍周辺の正常部位）におけ […]

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R
  • 2025年12月14日
  • 2026年1月12日

TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関係を解析する（TCGA, v.41, 2024）

2025/12/14（日）；初稿2025/12/29（月）；訂正；カプランマイヤー法による生存率の解析；教科書（生存期間解析、ISBN978-4-254-12861-1）に従って、打ち切りの設定を確認し、生存曲線（カプランマイヤー推定値）の横軸を1825日（5年）に限定した。2026/01/03（土）；訂正；元の記事のタイトル「TCGAのデータとRを使ってがんや腫瘍の遺伝子発現量と患者の生存率の関 […]

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解析
  • 2024年10月27日
  • 2026年1月6日

gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする（TCGA, v.41.0, 2024）

2024/10/26（土）；初稿2026/01/06（火）；タイトル変更、サムネイル変更 はじめに TCGA（The Cancer Genome Atlas Program）は公的データベースであり、誰でも利用可能である。トランスレーショナルスタディーや、それに限らず基礎研究に対してもこんなに有用なものはない。オープンアクセスのデータだけでなく、限られたユーザーがアクセスできるデータ（Contro […]

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