日付；2021/05/31（月） 昨日、Macbook Pro 15 inch (Mid 2015) （MBP15）にDebian 9をインストールし、RNA-seqのプリプロセッシングに必要なソフトをインストールした。方法は過去にVirtualBox中のDebain 9にインストールしたときとほぼ同じであった。 このMBP15は、CPU intel core i7-2620M (2 cores […]
日付；2021/05/30（日） 自分の持つパソコンの老朽化が進んでいる。Macbook Pro 15 inch (Mid 2015)だってもう6年前、Macbook Pro 13 inch (Early 2011)は10年前、Dell M4800（Windows10/Debian9)はすでにぶっ壊れている。Vaio Pro 11 inch(Windows10)は確か2013か2014年くらいに完 […]
日付；2021/05/29（土） RNA-seq解析用として使っていたDell M480が瀕死で、たまにしか起動せず、使い物にならない。これはもう瀕死とかではなく、死亡である。それに、Maccbook Pro 13 inch (Early 2011)も徐々に老朽化してきており、macOS High Sierraからアップグレードできないという状況である。これについては、2月にWifiカードを交換し […]
日付；2021/05/29（土） 昨日、Office 365（Office 2016）に年間サブスクリプションしたわけだが、一つ許せないことがある。これまで使ってきたOffice 2011はデフォルトのドキュメントサイズが４：３だった。すくなくとも、今投稿中の論文がアクセプトされるまではどうしても４：３を使いたい。というか。１６：９って横に長くて使いにくくないか？？と思って、調べてみたらMacbo […]
日付；2021/05/28（金） 現在投稿中の論文の改定が大詰めで、図を仕上げているところである。仕上げているとか、すこし変な感じがする。本当ならば、投稿時にパブリケーションのクオリティーであるべきだと思うのだが、そこは共同研究での論文だけあって、共同研究者の都合もある。残っている部分は全部共同研究者の担当の部分である。これについては無事にアクセプトまで漕ぎ着けた場合に良し悪しの部分を書こうと思う […]
日付；2021/05/12（水） 以前、CyTOFを使ってTIL（Tumor Infiltrate Lymphocyte）のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]
日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]
日付；2021/05/05（水） RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]
日付；2021/05/02（日） Dell Precision M4800がぶっ壊れた（より正しくいえば、たまにしか起動しない）ので、予備としてVirtualBoxにそれをカバーするシステムを入れようと思う。今回は、必要と思われるソフトをインストールしていく。 1.sources.listの編集 sugedit /etc/apt/sources.list で、CD-ROMへの参照を削除 apt-g […]
日付；2021/05/02（日） RNA-seq解析用の Dell Precision M4800が瀕死である。今後のRNA-seq解析に備えて、VirtualBoxにM4800をカバーできるまでの環境を立ち上げようと思う。 1. VirtualBoxのインストール まず、VirtualBoxをダウンロードし、インストールする。 2. Debian 9をインストール 次に、Debian 9をVir […]
