日付;2022/10/29(土)、2024/03/31(日)有料化
single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット(Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1))を使っている関係から、もはやcellrangerは必須である。高次解析にはSeurat(スーラというらしい。)やmonocle3を使用する必要が、どうやらありそうだ。
今回はその一つ、Seuratのインストールについて記録しておく。その理由は、Windows 11にインストールするのは簡単だったのに、Ubuntu 20.04にインストールするのがすごく大変だったからだ。
目次
Seuratのホームページ(https://satijalab.org/seurat/)には以下のようにインストールすれば良いと欠いてある。
![](https://kts-research-blog.com/wp-content/uploads/2022/10/スクリーンショット-2022-10-29-17.08.37-1024x369.png)
結論としてこれだけでは全くインストールできない。コイツら、何言ってんだろうか。いや、自分らも気づいてるだろ。直せや!!ちゃんとマニュアル作れや!!!以下の画像がエラーメッセージである。
![](https://kts-research-blog.com/wp-content/uploads/2022/10/Screenshot-from-2022-10-29-05-40-31.png)
文句ばかりも言っていられないので、ダラダラとインストールして行くことにする。以下が、自分が良くやる裏技である。というか、裏技か??少なくともメジャーな方法ではないはず。
以下にコツややったことを述べていく。
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