2026/09/19（日）；初稿 はじめに 最近はシングルセルRNAシークエンスも一般的な解析技術になってきた。それ単発の解析では、もうFigureを一つしか作れないような状態であり、空間トランスクリプトームや他のモダリティー（技術や手法）と合わせて、マルチオミクスという形で着目する現象を解明していく、というストラテジーが必要と言える。逆に言えば、シングルセルRNAシークエンスの解析は、もはやスタ […]
2024/04/28（日）；初稿2026/08/13（木）；タイトル訂正 先日にPythonを用いたシングルセルRNAシークエンス（scRNA-seq）解析のためのパッケージをインストールした。その記事はここに記したので、PythonでシングルセルRNAシークエンスのデータを解析したい方は、それを参考にしていただきたい。Pythonのパッケージは比較的（最近ではもう随分と安定してきたように思う。だ […]
日付；2024/04/06（土） 以前はSeuratのversion 4を使っていたけど、それももうversion 5（v.5.0.2)になって数ヶ月がたった。そういうことなので、ここでもバージョン５をインストールしようと思う。version 4との違いとしては、sctransformがデフォルトでv. 2になった（version 4ではgithub経由で別途インストールしなければならなかった。） […]
日付；2022/10/29（土）、2024/03/31（日）有料化 single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット（Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1)）を使っている関係から、もはやcel […]
