シングルセルRNAシークエンスのリードをリファレンスシークエンスへマッピングし、リードカウントをやってくれるパイプラインがcellranger countである。ここでは、シークエンスから返ってきた、もしくはcellranger mkfastqなどで適切に作成したfastqファイルを、cellranger countで処理することでカウントマトリックスを作成する方法について記す。個人的に思うのが、10xGenomicsのシングルセルRNAシークエンスが普及したのは、この会社の宣伝やサポートに加えて、このcellranger countがすごく便利だったことも理由ではないかと思っている。
以下がcellrangerを行うための手順である。
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